Nowelizacja ustawy o kontroli skarbowej, nad którą pracuje Sejm ma m.in. na celu usunięcie wątpliwości co do zakresu kontroli skarbowej w kwestii środków publicznych. Jak czytamy w uzasadnieniu do rządowego projektu zmian na podstawie obecnie obowiązujących przepisów interpretuje się, że uprawnienia organów kontroli skarbowej ograniczają się wyłącznie do kontroli środków publicznych podlegających zwrotowi. Taka interpretacja pozostawia poza zakresem kontroli zdecydowaną większość środków publicznych, w tym np. dotacje udzielane z budżetu państwa. Nowelizacja ustawy o kontroli skarbowej przewiduje, że do zakresu kontroli skarbowej należy kontrola celowości i zgodności z prawem gospodarowania wszystkich środków publicznych, niezależnie od tego, czy podlegają one zwrotowi lub mają charakter bezzwrotny.
            Kolejna zmiana ma na celu uproszczenie i uelastycznienie audytu środków pochodzących z Unii Europejskiej. W myśl projektowanych przepisów grupa osób wykonujących czynności audytu ma zostać poszerzona o inspektorów i pracowników urzędów kontroli skarbowej, którzy będą je wykonywać na podstawie upoważnienia, które wydawane będzie przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej lub przez upoważnionego do tego dyrektora urzędu kontroli skarbowej. 
            Projektowane przepisy mają również na celu usunięcie obecnych wątpliwości interpretacyjnych w zakresie możliwości przeprowadzania postępowań kontrolnych w pod­miotach o kapitale mieszanym, tj. podmiotach z uczestnictwem kapitałowym mienia państwowego i prywatnego, bez względu na wielkość udziału mienia państwowego (m. in. w przedsiębiorstwach państwowych, spółkach akcyjnych i z o. o., w których jedynym akcjonariuszem lub wspólnikiem jest Skarb Państwa, w których Skarb Państwa posiada większościowy albo mniejszościowy udział w kapitale zakładowym, w tym tworzone na podstawie umów o partnerstwie publiczno-prywatnym, bankach państwowych). Brak zmian w przepisach w tym zakresie mógłby bowiem doprowadzić do sytuacji, w której podmioty przestają podlegać kontroli, jeżeli w danym podmiocie nastąpi zaangażowanie udziału kapitału prywatnego w jakiejkolwiek wysokości.
            Następne zmiany związane są z pozyskiwaniem informacji przez organy kontroli skarbowej. Projektowane przepisy obok organów administracji rządowej i samorządowej, jako zobowiązanych, wskazują również sądy, co umożliwi pozyskiwanie informacji z akt postępowań sądowych oraz danych gromadzonych w rejestrach sądowych, w tym w szczególności z Krajowego Rejestru Sądowego. Ponadto przepis wprost wskazuje również państwowe osoby prawne, w której to formie organizacyjnej działają agencje państwowe, np. Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, Agencja Rynku Rolnego, Agencja Nieruchomości Rolnych, a które na gruncie obowiązujących przepisów stosują niejednolitą praktykę w zakresie udostępniania informacji. Dotychczas właściciele danych często odmawiali udostępnienia takich informacji, w tym kopii elektronicznych baz danych, lub dostępu w trybie on-line.
            Bardzo istotne zmiany przewiduje nowelizacja w zakresie kontroli handlu w Internecie i wykorzystywania internetu do prowadzenia nieujawnionej i nieopodatkowanej działalności gospodarczej. Jak czytamy w uzasadnieniu do projektu zmian często osoby prowadzące taką działalność, w celu uchylania się od opodatkowania, ukrywają lub podają nieprawdziwe dane identyfikujące. Organy kontroli skarbowej, posiadając informacje o takich transakcjach, nie są w stanie ustalić tożsamości osoby prowadzącej nieujawnioną działalność zarobkową, a tym samym nie mogą wszcząć i przeprowadzić postępowania kontrolnego. Nowelizacja przewiduje, że organy kontroli skarbowej będą uprawnione do żądania od instytucji finansowych udostępnienia danych identyfikujących posiadacza wskazanego w żądaniu numeru rachunku bankowego.  
Obowiązki w zakresie udostępniania informacji zostały także nałożone na wydawców i redaktorów dzienników lub czasopism,  nadawców programów radiowych i telewizyjnych i usługodawców świadczących usługi drogą elektroniczną. Obecnie obowiązujące przepisy odnoszą się tylko do gazet i periodyków wychodzących w formie papierowej. Nie uwzględniają natomiast informacji umieszczanych w formie elektronicznej, m.in. na stronach internetowych. Ponieważ nie zawsze usługodawca jest w stanie przekazać dane osobowe, powinien przekazać również inne informacje pozwalające ustalić personalia osoby, która faktycznie zamieściła informację, czyli dane dotyczące logowania czy logów systemowych zawierających m.in. informacje o adresie IP oraz czasie, w którym nastąpiło połączenie. W związku z tym, w celu ustalenia danych identyfikujących te podmioty, organom kontroli skarbowej zostanie przyznane uprawnienie do występowania do wskazanych wyżej podmiotów, które gromadzą dane dotyczące podmiotów korzystających z ich usług. Żądanie organu kontroli skarbowej dotyczyć będzie mogło wyłącznie tych podmiotów, które zamieszczają ogłoszenia lub reklamy, których treść wskazuje na prowadzenie przez nie działalności mogącej powodować powstanie obowiązku podatkowego lub mającej wpływ na wysokość zobowiązania podatkowego.
            Nowelizacja przewiduje też analogiczne przesłanki wyłączenia organu kontroli skarbowej, jakie przewidziane są w Ordynacji podatkowej do wyłączenia organów podatkowych. W  przypadku wyłączenia dyrektora urzędu kontroli skarbowej Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej będzie wskazywał innego dyrektora kontroli skarbowej właściwego do załatwienia sprawy.
            Projektowane przepisy przewidują również, że prawo do przystąpienia do konkursu na dyrektora urzędu kontroli skarbowej uzyskają osoby spełniające warunki formalne do powołania na stanowisko inspektora kontroli skarbowej, a także zatrudnione w jednostkach organizacyjnych kontroli skarbowej, administracji podatkowej i celnej, które są wpisane na listę doradców podatkowych. Kandydaci na stanowisko dyrektora urzędu kontroli skarbowej, wpisani na listę doradców podatkowych, będą musieli jednak posiadać odpowiedni staż pracy w organach administracji skarbowej oraz odpowiedni profil wykształcenia.
            Nowelizacja usuwa także wątpliwości związane z ustalaniem organów kontroli skarbowej właściwych do przeprowadzania postępowania kontrolnego. Właściwość miejscową dyrektorów urzędów kontroli skarbowej określać będzie się według miejsca zamieszkania albo adresu siedziby kontrolowanego, niezależnie od tego, czy przepisy poszczególnych ustaw podatkowych przewidują inne kryteria wyznaczania właściwości miejscowej.
            Projektowane przepisy przyznają także pracownikom organów kontroli skarbowej prawa do żądania od kontrahentów przedstawiania dokumentów, w zakresie objętym kontrolą u kontrolowanego, w ramach tzw kontroli krzyżowej. Jak uzasadnia projektodawca nowelizacji czynności tzw. „kontroli krzyżowej” są w znacznym stopniu czynnościami o charakterze technicznym. Wobec tego nie jest konieczne wykonywanie ich jedynie przez inspektorów kontroli skarbowej. Umożliwienie dokonywania tych czynności przez pracowników spowoduje odciążenie inspektorów od przeprowadzania „kontroli krzyżowych”, które są czasochłonne i pra­cochłonne.
            Ponadto zgodnie z nowelizacją kontrola krzyżowa będzie obejmować wszystkie podmioty, uczestniczące w łańcuchu dostaw, co ma ograniczyć uchylanie się od opodatkowania VAT. Jak uzasadniają projektodawcy przepisów obecne regulacje uniemożliwiają organom kontroli skarbowej zbadanie bez wszczynania odrębnych postępowań kontrolnych całego łańcucha transakcji, co do którego zachodzi podejrzenie, że może być wykorzystywany do wyłudzenia zwrotu podatku VAT. Natomiast wprowadzenie projektowanej zmiany spowoduje, że wobec kontrahentów kontrolowanego będzie można uniknąć prowadzenia postępowania kontrolnego w pełnym zakresie, lecz badane będą wyłącznie dokumenty związane z określoną transakcją w celu ustalenia ich prawidłowości i porównania z dokumentami kontrolowanego.
            Nowelizacja nakłada też na osoby przebywające na stażu, praktykach zawodowych lub studenckich w organach podległych ministrowi finansów, w tym w urzędach kontroli skarbowej obowiązek przestrzegania tajemnicy skarbowej, której obowiązek zachowania trwać będzie także po zakończeniu stażu lub praktyki.
            Ponadto nowelizacja przewiduje stworzenie prawnej możliwości podejmowania przez wywiad skarbowy bezpośredniej współpracy z organami i instytucjami państw członkowskich Unii Europejskiej odpowiadającymi zakresem swojego działania wywiadowi skarbowemu.
            Projektowane przepisy umożliwiają osobie, która została wpisana na listę doradców podatkowych, uzyskanie powołania na stanowisko inspektora kontroli skarbowej, o ile posiada odpowiedni staż w jednostkach organizacyjnych kontroli skarbowej lub jednostkach organizacyjnych administracji podatkowej i celnej. W ocenie projektodawcy proponowane przepisy wprowadzają ponadto czynnik motywacyjny dla pozostania w strukturze organizacyjnej kontroli skarbowej obecnie zatrudnionych pracowników. Możliwość awansu zawodowego (stanowisko inspektora kontroli skarbowej i dyrektora urzędu kontroli skarbowej) pozwoli na zatrzymanie w jednostkach organizacyjnych kontroli skarbowej pracowników posiadających wysokie kwalifikacje, potwierdzone wpisem na listę doradców podatkowych. Brak takich rozwiązań może spowodować odpływ takich osób do sektora prywatnego. Ponadto doradcy podatkowi nie będą tracili uprawnień do wykonywania zawodu po pięciu latach zawieszenia działalności jako doradca podatkowy.
            Nowelizacja przewiduje tez karę do 5 tys. złotych, które mogą nałożyć organy skarbowe na podmioty zobowiązane do udzielania im informacji, w przypadku odmowy lub braku udzielenia tej informacji.
Projektowane zmiany mają na celu wzmocnienie statusu inspektora kontroli skarbowej, z uwagi na to wprowadzono szczegółową regulację w zakresie jego stosunku pracy, wzorowaną na statusie urzędnika służby cywilnej.
Sejm po pierwszym czytaniu skierował omawiany projekt zmian w ustawie o kontroli skarbowej do dalszych prac w sejmowej Komisji Finansów Publicznych.