Najważniejsza zmiana polega na tym, że zasadniczo usługi będą opodatkowane w kraju, w którym siedzibę ma firma je nabywająca. Oznacza to, że miejscem opodatkowania usługi będzie, zgodnie z dyrektywą, miejsce jej rzeczywistej konsumpcji. Takie rozwiązanie ułatwi firmom rozliczenia podatkowe. Obecnie miejscem opodatkowania usługi jest miejsce, w którym firma świadcząca usługę ma siedzibę. Od tej reguły są pewne wyjątki, zależne od rodzaju świadczonych usług.

Zaproponowano także zmianę przepisów dotyczących tzw. informacji podsumowujących, składanych przez podmioty biorące udział w handlu wewnątrzwspólnotowym. Informacje te zawierają wykaz transakcji przeprowadzonych między firmami z różnych krajów Unii Europejskiej.
Zgodnie z projektem, skrócony zostanie okres, za który podatnicy mają obowiązek składać informacje podsumowujące (z kwartału do miesiąca), a także skrócony będzie termin składania tych informacji (z 25 dnia miesiąca do 15 dnia miesiąca następującego po okresie sprawozdawczym, w którym powstał obowiązek podatkowy). Jedynie informacje podsumowujące, składane elektronicznie, będzie można nadsyłać do 25 dnia miesiąca. Nadal będzie możliwe składanie informacji podsumowujących za okresy kwartalne, ale jedynie w trzech przypadkach, szczegółowo wskazanych w projekcie. Zmiany zaproponowane w tych przepisach usprawnią wymianę informacji o transakcjach wewnątrzwspólnotowych, co z kolei przyczyni się do zwalczania procederu uchylania się od opodatkowania.

Kolejna zmiana dotyczy ubiegania się o zwrot VAT od zakupów dokonywanych w innym państwie członkowskim. Dzięki niej, przykładowo, polski podatnik ubiegający się o zwrot tego podatku, zapłaconego w innym państwie członkowskim, będzie składał elektronicznie wniosek w polskim urzędzie skarbowym. Wniosek ten zostanie przekazany do właściwego państwa członkowskiego. Uprości to procedurę zwrotu VAT. Obecnie taki wniosek trzeba składać w urzędzie skarbowym państwa UE, w którym zapłacono podatek.
Projekt przewiduje, że nowe przepisy mają zacząć obowiązywać od 1 stycznia 2010 r., z wyjątkiem niektórych, które weszłyby w życie w innych terminach. Na przykład od 1 stycznia 2011 r. obowiązywałyby nowe zasady ustalania miejsca opodatkowania dla usług związanych m.in. z kulturą, sztuką, sportem, nauką, edukacją i rozrywką.
Ostateczny kształt omawianej nowelizacji rozstrzygnie się w Sejmie, gdzie trafi teraz projekt zmian.