Zgodnie z unijną dyrektywą o VAT, transgraniczne usługi przewozowe podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT w każdym państwie członkowskim za daną odległość pokonaną na jego terenie.
Jak podkreśla Komisja Europejska Polska wprowadziła szczególny system podatku VAT w odniesieniu do usług transgranicznego transportu pasażerskiego, wykonywanego sporadycznie autokarami zarejestrowanymi za granicą. Od kierowcy pojazdu wymaga się zapłaty podatku w urzędzie celnym z chwilą wjazdu na terytorium Polski, a kwotę podatku ustala się w zależności od liczby pasażerów (w oparciu o średnią podstawę opodatkowania od podróżującej osoby, licząc 7 proc. od kwoty 285 zł).
Ponadto, wbrew unijnej dyrektywie, przedsiębiorstwo przewozowe nie ma możliwości uzyskania zwrotu podatku VAT zapłaconego w Polsce.
Zdaniem KE polski system odbiega od przepisów UE, gdyż zgodnie z dyrektywą w sprawie VAT, należny od operatora świadczącego usługi przewozowe podatek musi być zadeklarowany i zapłacony za pośrednictwem deklaracji VAT, a nie w formie jednorazowej opłaty na granicy. Ponadto należna kwota podatku powinna być proporcjonalna do odległości pokonanej na terytorium Polski.
KE uważa, że polskie przepisy prowadzą do „transgranicznych kontroli podatkowych", naruszając tym samym podstawowe zasady wspólnego systemu VAT.
W czerwcu ubiegłego roku KE przesłała polskim władzom ostateczne ostrzeżenie w tej sprawie, dając dwa miesiące na dostosowanie prawa. „Skoro władze polskie nie zmieniły przepisów krajowych w przewidzianym terminie, KE zadecydowała o skierowaniu sprawy do Trybunału Sprawiedliwości" – podkreśliła Komisja Europejska.