1. Wprowadzenie
Jednym z podmiotów uczestniczących w postępowaniu podatkowym są organy podatkowe. Organy te występują w tym postępowaniu jako przedstawiciele publicznoprawnego imperium, związanego z przymusowością zobowiązania podatkowego.
Postępowanie podatkowe jest dwuinstancyjne. Zgodnie bowiem z przepisem art. 220 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm) dalej o.p., od decyzji organu podatkowego wydanej w pierwszej instancji stronie służy odwołanie tylko do jednej instancji. Dla zapewnienia rzeczywistej kontroli decyzji wydawanych w pierwszej instancji, konieczne jest, aby postępowanie odwoławcze prowadzone było przez inny organ, niż ten, który wydał decyzję. Postępowanie odwoławcze prowadzone jest właśnie przez organ odwoławczy.
Należy podkreślić, że fakt pełnienia przez dany organ roli organu odwoławczego związany jest z daną i konkretną sytuacją prawnoprocesową w danej sprawie. W innej sprawie bowiem organ ten może pełnić rolę organu pierwszej instancji. I tak np. izby skarbowe, samorządowe kolegia odwoławcze oraz minister właściwy do spraw finansów publicznych pełnią nie tylko funkcję organów, ale w niektórych wypadkach - są również organami podatkowymi pierwszej instancji.

Pojęcie organów podatkowych jest dokładnie określone w przepisach ordynacji podatkowej. Organy podatkowe wyliczają przepisy art. 13 o.p. Wyliczenie to jest wyczerpujące, co oznacza, że żaden inny organ nie może być uznany za organ podatkowy. Zgodnie z przepisem art. 13 § 1 organami podatkowymi, stosownie do ich właściwości, są:
1) naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celnego, wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta albo marszałek województwa - jako organ pierwszej instancji;
2) dyrektor izby skarbowej, dyrektor izby celnej - jako:
a) organ odwoławczy odpowiednio od decyzji naczelnika urzędu skarbowego lub naczelnika urzędu celnego,
b) organ pierwszej instancji, na podstawie odrębnych przepisów,
c) organ odwoławczy od decyzji wydanej przez ten organ w pierwszej instancji;
3) samorządowe kolegium odwoławcze - jako organ odwoławczy od decyzji wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starosty albo marszałka województwa.”

Minister właściwy do spraw finansów publicznych jest organem podatkowym - jako:
1) organ pierwszej instancji w sprawach stwierdzenia nieważności decyzji, wznowienia postępowania, zmiany lub uchylenia decyzji lub stwierdzenia jej wygaśnięcia - z urzędu;
2) organ odwoławczy od decyzji wydanych w sprawach, o których mowa w pkt 1”.

Od dnia 1 września 2005 r. jest on także organem podatkowym jako:
1) organ właściwy w sprawach interpretacji postanowień umów o unikaniu podwójnego opodatkowania oraz innych ratyfikowanych umów międzynarodowych
dotyczących problematyki podatkowej;
2) organ właściwy w sprawach informacji przekazywanych przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe o założonych i zlikwidowanych rachunkach bankowych związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.
Natomiast z dniem 1 stycznia 2006 r. jest on także organem podatkowy właściwym w sprawach porozumień dotyczących ustalenia cen transakcyjnych.

Tak więc obecnie obowiązujące przepisy prawa podatkowego pozwalają na wyróżnienie następujących organów odwoławczych:
1) dyrektora izby skarbowej,
2) dyrektora izby celnej,
3) ministra właściwego do spraw finansów publicznych (aktualnie minister finansów).

Obok pojęcia „organu odwoławczego” przepisy ordynacji podatkowej wprowadzają także pojęcie organu podatkowego wyższego stopnia. O ile jednak pozycja organu odwoławczego związana jest z biegiem postępowania podatkowego, o tyle pojęcie „organu wyższego stopnia” związane jest nadrzędnością tego organu nad innymi organami. Organy wyższego stopnia mają szersze kompetencje od organów odwoławczych, bowiem właściwe są również w przypadku orzekania w nadzwyczajnych trybach postępowania podatkowego (np. stwierdzenia nieważności decyzji)
Zgodnie z przepisem art. 13 § 3 o.p. organami podatkowymi wyższego stopnia są organy odwoławcze.
Jak trafnie stwierdza Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu orzeczenia z dnia 3 kwietnia 2007 r., II FSK 519/06, LEX nr 400345: „Ordynacja podatkowa wyróżnia trzy rodzaje organów podatkowych, a mianowicie "organ pierwszej instancji", "organ odwoławczy" i "organ wyższego stopnia" Dwa z nich, tj. organ odwoławczy i organ wyższego stopnia są przez ustawodawcę traktowane jako tożsame (§ 3 art. 13 i § 2 art. 220). Natomiast Ordynacja podatkowa nie wprowadza wprost przepisu, mocą którego organ pierwszej instancji i organ wyższego stopnia to jeden i ten sam organ (...) Nie może przecież ulegać kwestii, że w układzie dwuinstancyjnym organowi pierwszej instancji odpowiada organ odwoławczy, który jest właściwy wówczas, gdy jest zarazem organem wyższego stopnia”.

2. Usytuowanie organów odwoławczych w systemie organów podatkowych

O usytuowaniu organów odwoławczych w systemie organów podatkowych stanowią powoływane już przepisy ordynacji podatkowej oraz przepisy materialnego prawa administracyjnego, określającego kompetencje tych organów.
Organem odwoławczym w przypadku decyzji wydanych przez naczelników urzędów skarbowych - zgodnie z przepisem art. 13 § 1 pkt 2 o.p. - jest dyrektor izby skarbowej. Przepisy dotyczące kompetencji i funkcjonowania izb skarbowych zawarte są w ustawie z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych, (tekst jedn.: Dz. U. z 2004 r. Nr 121, poz. 1267 z późn. zm.) dalej u.u.i.s. W myśl art. 5 ust. 3 u.u.i.s. izbą skarbową kieruje dyrektor.
W powołanej ustawie znajdują się regulacje, które są potwierdzeniem rozwiązań przyjętych w ordynacji podatkowej. Zgodnie bowiem z przepisem art. 5 ust. 7 pkt 2 u.u.i.s. do zakresu działania dyrektorów izb skarbowych należy również rozstrzyganie w drugiej instancji w sprawach należących w pierwszej instancji do urzędów skarbowych (w tym miejscu dokonując nowelizacji nie dostrzeżono potrzeby wskazania spraw, należących w pierwszej instancji do naczelników urzędów skarbowych, a nie do samych urzędów). Przepis art. 5 ust. 8 u.u.i.s. potwierdza, że izba skarbowa jest organem wyższego stopnia w stosunku do urzędu skarbowego (tutaj również nie dokonano stosownych zmian, związanych z nadaniem statusu organów naczelnikom i dyrektorom, a pozbawieniem tego statusu samych urzędów i izb).

Należy zwrócić uwagę jeszcze na brzmienie przepisów art. 5 ust. 9 oraz 10 u.u.i.s. Zgodnie z ust. 9 właściwość miejscową naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych określa się według terytorialnego zasięgu działania odpowiednio urzędu skarbowego i izby skarbowej. Stosownie natomiast do art. 5 ust. 10 u.u.i.s. Minister Finansów określa, w drodze zarządzenia, organizację urzędów i izb skarbowych oraz nadaje im statuty.
Organem odwoławczym od decyzji naczelnika urzędu celnego jest natomiast dyrektor izby celnej. Sposób powoływania oraz szczegółowe kwestie związane z funkcjonowaniem tego organu określono w przepisach ustawy z dnia 19 marca 2004 r. – Prawo celne (Dz. U. Nr 68, poz. 622 z późn. zm.) oraz ustawy z dnia 24 lipca 1999 r. o Służbie celnej (tekst jedn.: Dz. U. z 2009 r. Nr 168, poz. 1323 z późn. zm.), a także w wydanych na ich podstawie aktach wykonawczych.