1. Określono, że kontrola działalności gospodarczej przedsiębiorców przeprowadzana jest na zasadach określonych w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej, chyba że zasady i tryb kontroli wynikają z bezpośrednio stosowanych przepisów powszechnie obowiązującego prawa wspólnotowego albo z ratyfikowanych umów międzynarodowych.
2. Przedsiębiorcy, który poniósł szkodę na skutek przeprowadzenia czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów prawa w zakresie kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy, przysługuje odszkodowanie. Dochodzenie tego roszczenia następuje na zasadach i w trybie określonych w odrębnych przepisach.
3. Dowody przeprowadzone w toku kontroli przez organ kontroli z naruszeniem przepisów prawa w zakresie kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy, jeżeli miały istotny wpływ na wyniki kontroli, nie mogą stanowić dowodu w żadnym postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karno-skarbowym dotyczącym kontrolowanego przedsiębiorcy.
4. Organy kontroli zawiadamiają przedsiębiorcę o zamiarze wszczęcia kontroli. Zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli nie dokonuje się, w przypadku gdy:
1) kontrola ma zostać przeprowadzona na podstawie bezpośrednio stosowanych przepisów powszechnie obowiązującego prawa wspólnotowego albo na podstawie ratyfikowanej umowy międzynarodowej;
2) przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia;
3) kontrola jakości paliw jest przeprowadzana na postawie przepisów ustawy z dnia 25 sierpnia 2006 r. o systemie monitorowania i kontrolowania jakości paliw (Dz. U. Nr 169, poz. 1200, z późn. zm.);
4) kontrola jest prowadzona w toku postępowania prowadzonego na podstawie przepisów ustawy z dnia 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów (Dz. U. Nr 50, poz. 331, z późn. zm.);
5) przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego;
6) przedsiębiorca nie ma adresu zamieszkania lub adresu siedziby lub doręczanie pism na podane adresy było bezskuteczne lub utrudnione.
Zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli nie dokonuje się także w przypadkach określonych w art. 282c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa.
5. Kontrolę wszczyna się nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli. Jeżeli kontrola nie zostanie wszczęta w terminie 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia, wszczęcie kontroli wymaga ponownego zawiadomienia. Na wniosek przedsiębiorcy kontrola może być wszczęta przed upływem 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia.
6. Czynności kontrolne mogą być wykonywane przez pracowników organów kontroli po okazaniu przedsiębiorcy albo osobie przez niego upoważnionej legitymacji służbowej upoważniającej do wykonywania takich czynności oraz po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, chyba że przepisy szczególne przewidują możliwość podjęcia kontroli po okazaniu legitymacji. W takim przypadku upoważnienie doręcza się przedsiębiorcy albo osobie przez niego upoważnionej w terminie określonym w tych przepisach, lecz nie później niż trzeciego dnia od wszczęcia kontroli.
7. Podjęcie czynności kontrolnych po okazaniu legitymacji służbowej, na podstawie przepisów szczególnych, może dotyczyć jedynie przypadków, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia, a także gdy przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego.
8. W przypadku wszczęcia czynności kontrolnych po okazaniu legitymacji służbowej, przed podjęciem pierwszej czynności kontrolnej, osoba podejmująca kontrolę ma obowiązek poinformować kontrolowanego przedsiębiorcę lub osobę, wobec której podjęto czynności kontrolne, o jego prawach i obowiązkach w trakcie kontroli.
9. Do czasu trwania kontroli, o którym mowa w art. 83 ust. 1 ustawy, nie wlicza się czasu nieobecności kontrolowanego przedsiębiorcy lub osoby przez niego upoważnionej, jeżeli stanowi to przeszkodę w przeprowadzeniu czynności kontrolnych.
10. W razie nieobecności kontrolowanego lub osoby przez niego upoważnionej albo niewykonania przez kontrolowanego obowiązku wskazania osoby upoważnionej, czynności kontrolne mogą być wykonywane w obecności innego pracownika kontrolowanego, który może być uznany za osobę, o której mowa w art. 97 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. - Kodeks cywilny, lub w obecności przywołanego świadka, którym powinien być funkcjonariusz publiczny, niebędący jednak pracownikiem organu przeprowadzającego kontrolę.
11. Kontrolę przeprowadza się w siedzibie kontrolowanego lub w miejscu wykonywania działalności gospodarczej oraz w godzinach pracy lub w czasie faktycznego wykonywania działalności gospodarczej przez kontrolowanego.
12. Kontrola lub poszczególne czynności kontrolne, za zgodą kontrolowanego, mogą być przeprowadzane również w siedzibie organu kontroli, jeżeli może to usprawnić prowadzenie kontroli.
13 Czynności kontrolne powinny być przeprowadzane w sposób sprawny i możliwie niezakłócający funkcjonowania kontrolowanego przedsiębiorcy. W przypadku gdy przedsiębiorca wskaże na piśmie, że przeprowadzane czynności zakłócają w sposób istotny działalność gospodarczą przedsiębiorcy, konieczność podjęcia takich czynności powinna być uzasadniona w protokole kontroli.
14. Tak jak dotychczas przedsiębiorca jest obowiązany prowadzić i przechowywać w swojej siedzibie książkę kontroli oraz upoważnienia i protokoły kontroli. Nowością jest, że książka kontroli może mieć formę zbioru dokumentów. Książka kontroli służy przedsiębiorcy do dokumentowania liczby i czasu trwania kontroli jego działalności.
15. Książka kontroli może być prowadzona także w formie elektronicznej. Przedsiębiorca, który prowadzi książkę kontroli w formie elektronicznej, dokonuje wpisów oraz aktualizacji danych zawartych w książce kontroli. Domniemywa się, że dane zawarte w książce kontroli prowadzonej w formie elektronicznej znajdują potwierdzenie w dokumentach przechowywanych przez przedsiębiorcę.
16. Rozbudowano także zakres danych objętych wpisami organu kontroli do książki kontroli (art. 81 ust. 2 ustawy).
17. W przypadku wszczęcia kontroli, przedsiębiorca jest obowiązany niezwłocznie okazać kontrolującemu książkę kontroli albo kopie odpowiednich jej fragmentów lub wydruki z systemu informatycznego, w którym prowadzona jest książka kontroli, poświadczone przez siebie za zgodność z wpisem w książce kontroli. Przedsiębiorca jest zwolniony z okazania książki kontroli, jeżeli jej okazanie jest niemożliwe ze względu na udostępnienie jej innemu organowi kontroli. W takim przypadku przedsiębiorca okazuje książkę kontroli w siedzibie organu kontroli w terminie 3 dni roboczych od dnia zwrotu tej książki przez organ kontroli.
18. Doprecyzowano przesłanek wyłączające stosowanie ograniczeń liczby jednoczesnych kontroli u przedsiębiorcy (art. 82 ust. 1 ustawy).
19. Zgodnie z art. 83 ust. 1 ustawy, czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać:
1) w odniesieniu do mikroprzedsiębiorców - 12 dni roboczych;
2) w odniesieniu do małych przedsiębiorców - 18 dni roboczych;
3) w odniesieniu do średnich przedsiębiorców - 24 dni roboczych;
4) w odniesieniu do pozostałych przedsiębiorców - 48 dni roboczych.
20. Przedłużenie czasu trwania kontroli jest możliwe jedynie z przyczyn niezależnych od organu kontroli i wymaga uzasadnienia na piśmie. Uzasadnienie doręcza się przedsiębiorcy i wpisuje do książki kontroli przed podjęciem dalszych czynności kontrolnych. Przedłużenie czasu trwania kontroli nie może naruszać terminów, o których mowa w art. 83 ust. 1 ustawy.
21. Przedłużenie czasu trwania kontroli możliwe jest także, jeżeli w toku kontroli zostanie ujawnione zaniżenie zobowiązania podatkowego lub zawyżenie straty w wysokości przekraczającej równowartość 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego lub straty, albo w przypadku ujawnienia faktu niezłożenia deklaracji pomimo takiego obowiązku. Organ kontroli zawiadamia kontrolowanego o ujawnionych okolicznościach, o których wyżej mowa, jednocześnie wskazując zgromadzony w tym zakresie materiał dowodowy. Uzasadnienie przedłużenia czasu trwania kontroli umieszcza się w książce kontroli i protokole kontroli. Czas trwania kontroli w takim przypadku nie może spowodować przekroczenia odpowiednio dwukrotności czasu określonego w art. 83 ust. 1 ustawy.
22. Organ kontroli może, po pisemnym zawiadomieniu przedsiębiorcy, przerwać kontrolę na czas niezbędny do przeprowadzenia badań próbki produktu lub próbki kontrolnej, jeżeli jedyną czynnością kontrolną po otrzymaniu wyniku badania próbki będzie sporządzenie protokołu kontroli. Czasu przerwy nie wlicza się do czasu, o którym mowa w art. 83 ust. 1 ustawy, o ile podczas przerwy przedsiębiorca miał możliwość wykonywania działalności gospodarczej oraz miał nieograniczony dostęp do prowadzonej przez siebie dokumentacji i posiadanych rzeczy, z wyjątkiem zabezpieczonej w celu kontroli próbki. W takim przypadku określonym doręczenie przedsiębiorcy protokołu kontroli nie wymaga ponownego wszczęcia kontroli, a dnia, w którym doręczono przedsiębiorcy protokół kontroli, nie wlicza się do czasu trwania kontroli. Dopuszcza się doręczenie protokołu kontroli w trakcie trwania kontroli innego organu. Uzasadnienie czasu trwania przerwy organ kontroli obowiązany jest wpisać do książki kontroli przedsiębiorcy. Przerwa, o której wyżej mowa, nie stanowi przeszkody do przeprowadzenia w czasie jej trwania kontroli przez inny organ kontroli.
23. Istotne znaczenie ma wprowadzenie instytucji sprzeciwu (art. 84c ustawy) - przedsiębiorca może wnieść sprzeciw wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności z naruszeniem przepisów art. 79-79b, art. 80 ust. 1 i 2, art. 82 ust. 1 oraz art. 83 ust. 1 i 2 ustawy.
Do regulacji dotyczących kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy, wynikających z ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz. U. z 2007 r. Nr 155, poz. 1095, z późn. zm.), dostosowano również przepisy:
- ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, z późn. zm.),
- ustawy z dnia 28 wrzesnia 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65, z późn. zm.),
- ustawy z dnia 29 lipca 1992 r. o grach i zakładach wzajemnych (Dz. U. z 2004 r. Nr 4, poz. 27, z późn. zm.),
- ustawy z dnia20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2007 r. Nr 42, poz. 274, z późn. zm.),
- ustawy z dnia 24 lipca 1999 r. o Służbie Celnej (Dz. U. z 2004 r. Nr 156, poz. 1641, z późn. zm.).