Od 1 stycznia 2013 r. w ustawie o podatku tonażowym obowiązują zmiany zgodnie, z którą definicja armatora, obejmująca również podmioty, które nie uprawiają żeglugi, a nawet zarządzająca statkami w cudzym imieniu i na cudzy rachunek, została zastąpiona pojęciem „przedsiębiorca żeglugowy”. Pojęcie „przedsiębiorca żeglugowy" jest zgodne z określeniem „shipping company" używanym w Wytycznych Wspólnoty w sprawie pomocy publicznej dla transportu morskiego, na których jest oparta ustawa o podatku tonażowym. Z uwagi na tą zmianę powstała konieczność wydania nowych rozporządzeń, które posługiwałoby się terminologią używaną w ustawie.

Jednym z nich jest rozporządzenie w sprawie sposobu prowadzenia przez przedsiębiorców żeglugowych opodatkowanych podatkiem tonażowym wykazu środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Zgodnie z projektem nowego rozporządzenia przedsiębiorcy żeglugowi w prowadzonym wykazie środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, powinni wykazać określone w rozporządzeniu elementy. Umożliwi to nie tylko prawidłową kontrolę posiadanych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, ale również umożliwi prawidłowe określenie podstawy opodatkowania ich podatkiem dochodowym w przypadku rezygnacji z podatku tonażowego.

W przypadku podatników prowadzących działalność opodatkowaną podatkiem dochodowym, mających obowiązek prowadzenia stosownej ewidencji, którzy następnie przejdą na opodatkowanie podatkiem tonażowym, będą oni mieli prawo prowadzić wykaz poprzez kontynuowanie prowadzenia tej ewidencji, pod warunkiem jednak, że ewidencja ta odpowiadać będzie wymaganiom wynikającym z niniejszego rozporządzenia.

Przedsiębiorcom żeglugowym opodatkowanym podatkiem tonażowym umożliwia się też prowadzenie wykazu przy zastosowaniu technik informatycznych. Podatnicy prowadzący wykaz w ten sposób będą jednak mieli obowiązek sporządzać co miesiąc wydruki zapisów dokonanych za poprzedni miesiąc.

Zgodnie z art. 8 ustawy z dnia 7 grudnia 2012 r. o zmianie ustawy o podatku tonażowym oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2012 r. poz. 1540) obowiązujące rozporządzenie w sprawie sposobu prowadzenia przez armatorów opodatkowanych podatkiem tonażowym wykazu środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych będzie obowiązywało maksymalnie do 2 lipca 2013 r.