Obecnie funkcje kontrolne przypisane są poszczególnym służbom, posiadającym różne uprawnienia, a ponadto realizowane jest w trzech różnych procedurach. Natomiast projekt ustawy zakłada, że urzędy kontroli skarbowej (podobnie jak zwykłe urzędy, izby skarbowe i izby celne) przestaną istnieć, jako odrębne jednostki. Innymi słowy, w ramach ujednoliconego fiskusa przestanie istnieć odrębny pion kontroli, a jego zadania zostaną przekazane administracji skarbowej oraz celno-skarbowej.

Gazeta Prawna w swojej publikacji powołuje się na głosy niektórych urzędników, którzy twierdzą, że jest to błąd.

Czytaj także: MF analizuje wprowadzenie jednoinstancyjnego postępowania podatkowego>>>

Natomiast resort w obszarze działań kontrolnych chce poprawy poboru danin publicznych, a także zwiększenie skuteczności zwalczania przestępczości podatkowej poprzez połączenie w jedną procedurę kontroli podatkowej realizowanej obecnie przez Administrację Podatkową, postępowania kontrolnego prowadzonego przez Kontrolę Skarbową oraz kontroli wykonywanej przez Służbę Celną. Ujednolicenie procedur umożliwi, aby zwalczanie przestępczości skarbowej obywało się w ramach odpowiednich zespołów kontrolnych, które zakresem kontroli będą mogły objąć cały obszar występowania nieprawidłowości podatkowych, korzystając przy tym z szerszych uprawnień niż dotychczas. Resort zauważa, iż skuteczne zwalczanie przestępczości skarbowej wymaga również zmian w ustawie Kodeks karny skarbowy. W związku z tym, prowadzone są także prace projektowe służące wzmocnieniu statusu urzędów celno-skarbowych w systemie organów zwalczających przestępczość podatkową.