W związku ze skierowaniem przez Naczelny Sąd Administracyjny do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej pytania prejudycjalnego dotyczące statusu prawnopodatkowego w podatku od towarów i usług samorządowych jednostek budżetowych, Ministerstwo Finansów w wydanym komunikacie poinformowało, że podziela wątpliwości istniejące w sprawie, które znalazły wyraz w pytaniu prejudycjalnym.
Resort zwrócił także uwagę, że mając na uwadze utrwaloną praktykę interpretacyjną, znaczenie przedmiotowej kwestii dla wszystkich jednostek samorządowych oraz konieczność zapewnienia pewności stosowania prawa, do momentu wydania orzeczenia przez Trybunał Sprawiedliwości UE pozostaje aktualne dotychczasowe stanowisko ministra finansów, wyrażone w wydawanych interpretacjach indywidualnych, uznające samorządowe jednostki budżetowe za odrębnych podatników podatku od towarów i usług.
Pytanie do TSUE zostało skierowane w sprawie będącej przedmiotem uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 czerwca 2013 r. sygn. I FPS 1/13, w której NSA uznał, że w świetle art. 15 ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług, gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami podatku od towarów i usług z uwagi na to, że nie prowadzą samodzielnie działalności gospodarczej.
NSA zapytał Trybunał, czy w świetle art. 4 ust. 2 w związku art. 5 ust. 3 Traktatu o Unii Europejskiej, jednostka organizacyjna gminy może być uznana za podatnika VAT w sytuacji, gdy wykonuje czynności w charakterze innym niż organ władzy publicznej w rozumieniu art. 13 dyrektywy 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, pomimo, że nie spełnia warunku samodzielności (niezależności) przewidzianego w art. 9 ust. 1 tej dyrektywy.