Aby zapobiec wątpliwościom w interpretowaniu przepisów w tym zakresie Minister Finansów w piśmie z dnia 27 marca 2007 r. (nr PT5-033-13/EK/2006/AP-7828/7789) wyjaśnił, że w myśl art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.) opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega m.in. odpłatna dostawa towarów, która według art. 2 pkt 22 ustawy o VAT mieści się w definicji sprzedaży. Wniesienie aportu rzeczowego do spółki prawa handlowego i cywilnego spełnia definicję odpłatnej dostawy towarów, a tym samym, w rozumieniu art. 2 pkt 22 ustawy o podatku od towarów i usług, uznawane jest za sprzedaż. Zgodnie z przepisem § 8 ust. 1 pkt 6 rozporządzenia Ministra Finansów z 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonywania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 97, poz. 970 z późn. zm.) w/w czynność wniesienia aportem, jest zwolniona z podatku VAT.

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, jedynie w takim zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych. Zakupione z przeznaczeniem do dalszej odsprzedaży opodatkowanej towary handlowe, wnoszone następnie aportem do spółki, w żadnym momencie działalności nie posłużyły wykonywaniu działalności opodatkowanej, a jedynie stają się przedmiotem czynności zwolnionej. Zatem warunek konieczny do uzyskania prawa do odliczenia, o którym mowa w art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług nie zostaje w rezultacie zrealizowany. W tym wypadku więc występuje obowiązek skorygowania wcześniej odliczonego podatku, bez względu na okres, w którym nastąpi dostawa, wynikający z generalnej zasady, o której mowa w art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług.

Natomiast w odniesieniu do innych towarów (w tym środków trwałych) wykorzystywanych przez podatnika do wykonywania czynności opodatkowanych, a następnie przekazanych w ramach dostawy zwolnionej od podatku (aport rzeczowy), obowiązek skorygowania odliczonego podatku nałożony jest przez art. 91 ust. 7 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem, zasady dokonywania korekt, określone w ust. 1-5 art. 91 ustawy o VAT stosuje się odpowiednio w przypadku gdy podatnik miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego od wykorzystywanego przez siebie towaru lub usługi i dokonał takiego obniżenia, albo nie miał takiego prawa, a następnie zmieniło się to prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od tego towaru lub usługi. Warto wiedzieć, że podatnikowi wykorzystującemu środki trwałe wyłącznie do wykonywania czynności opodatkowanych, przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego od tych środków w całości. Jednakże zmiana przeznaczenia środków trwałych polegająca na wykorzystaniu ich do wykonania czynności zwolnionej, jaką jest wniesienie aportem towarów do spółki prawa handlowego i cywilnego, powoduje zmianę prawa do odliczeń. W takiej sytuacji, zgodnie z art. 91 ust. 7 ustawy i podatku od towarów i usług należy skorygować odliczony podatek odpowiednio stosując art. 91 ust. 1-5 ustawy o podatku od towarów i usług, przy czym, w przypadku dokonania aportu środków trwałych (sprzedaży zwolnionej), o których mowa w ust. 2 tego artykułu, będą miały odpowiednio zastosowanie przepisy art. 91 ust. 4 i 5 ustawy o podatku od towarów i usług.