Komisja szczegółowo wskazała kryteria, które muszą być spełnione aby firma otrzymała certyfikat AEO oraz w jaki sposób wypełnić wniosek o nadanie statusu. Oddzielnie została wyjaśniona procedura nadania statutu przez małe i średnie przedsiębiorstwa.

W wytycznych Komisja objaśniła sposób złożenia podania oraz w jaki sposób powinna przebiegać proces autoryzacji.

W aneksie do wytycznych (aneks nr 2) zamieszczona została lista zagrożeń jakie mogą napotkać władze celne podczas procesu autoryzacji AEO lub w procesie kontrolnym, wraz z proponowanymi rozwiązaniami.