W przedmiotowej sprawie podatnik wystąpił do organu podatkowego o udzielenie pisemnej interpretacji, co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego. Z uwagi na uchybienia proceduralne organu, interpretacja nie została wydana w terminie. Tym samym, organ podatkowy związany był stanowiskiem podatnika wyrażonym we wniosku o udzielenie interpretacji podatkowej. W oparciu o milczącą interpretację podatnik złożył więc korektę zeznania podatkowego i wystąpił do organu podatkowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.

Organ podatkowy wszczął jednak wobec podatnika postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w trakcie, którego ustalił stan faktyczny sprawy, a następnie określił podatnikowi wysokość zobowiązania w podatku dochodowym oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty. Organ argumentując swoją decyzję przyznał co prawda, że stanowisko wyrażone przez podatnika we wniosku ma moc wiążącą dla organu podatkowego, niemniej jednak tylko względem przedstawionego w nim stanu faktycznego. Z ustaleń organu wynika natomiast, że stan faktyczny sprawy różni się od tego, który został przedstawiony we wniosku.

Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu zaprezentowany we wniosku o wydanie interpretacji opis stanu faktycznego jest całkowicie przejrzysty i zrozumiały. Według sądu zaistnienie jednak jakichkolwiek wątpliwości, co do obrazu stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o wydanie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego powinno skutkować zwróceniem się do wnioskodawcy o sprecyzowanie bądź uzupełnienie jego wypowiedzi w celu poprawnego wywiązania się z obowiązku udzielenia interpretacji. Niedopuszczalne jest w związku z tym przyjęcie najpierw, że wnioskodawca jasno wskazał stan faktyczny, z którym łączy się jego pytanie, a następnie doszukiwanie się różnic pomiędzy tym stanem i stanem ustalonym w toku postępowania wymiarowego.

Sąd zauważył, że w obrocie prawnym pozostawała "milcząca interpretacja", co oznacza, że podatnik korzystał z ochrony przewidzianej przepisem art. 14o Ordynacji podatkowej (wydano interpretację stwierdzającą prawidłowość jej stanowiska w pełnym zakresie). Nie ma też żadnych wątpliwości co do tego, że skutków zaniechania wydania pisemnej interpretacji nie można przerzucać na podatnika zasłaniając się odmiennością stanu faktycznego zrekonstruowanego w toku postępowania wymiarowego.

Wyrok NSA z 18 kwietnia 2013 r., II FSK 1714/11