Zasady wystawiania faktur, w tym tzw. faktur elektronicznych zawierają przede wszystkim dwa akty prawne. Pierwszym z nich jest rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług. Przepis § 19 ust. 1 powyższego rozporządzenia stanowi, iż Faktury i faktury korygujące są wystawiane co najmniej w dwóch egzemplarzach, przy czym oryginał otrzymuje nabywca, a kopię zatrzymuje sprzedawca - mówi Monika Utrata.

W dalszej części przepisu czytamy, iż przepisów ust. 1 i 2 nie stosuje się do faktur i faktur korygujących wystawianych w formie elektronicznej. W przypadku tych faktur sprzedawca przesyła je nabywcy, zachowując je jednocześnie w swojej dokumentacji (§ 19 ust. 3 powyższego rozporządzenia). Ustawodawca zatem wyraźne rozróżnia tzw. faktury zwykłe od faktur wystawianych w formie elektronicznej. Co więcej, sposób wystawiania faktur elektronicznych jest regulowany innym aktem prawnym. Jest nim rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur. Przepisy powyższego rozporządzenia przewidują szereg wymogów co do sposobu wystawiania, przesyłania, przechowywania itd. Zgodnie z § 4 rozporządzenia Faktury mogą być wystawiane, przesyłane i przechowywane w formie elektronicznej, pod warunkiem że autentyczność ich pochodzenia i integralność ich treści będą zagwarantowane:

1)bezpiecznym podpisem elektronicznym w rozumieniu art. 3 pkt 2 ustawy z dnia 18 września 2001 r. o podpisie elektronicznym (Dz. U. Nr 130, poz. 1450, z późn. zm.3)), weryfikowanym za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu, lub
2)poprzez wymianę danych elektronicznych (EDI) zgodnie z umową w sprawie europejskiego modelu wymiany danych elektronicznych), jeżeli zawarta umowa, dotycząca tej wymiany, przewiduje stosowanie procedur gwarantujących autentyczność pochodzenia faktury i integralność danych.

Dalsze przepisy mówią o tym, iż Faktury mogą być wystawiane i przesyłane w formie elektronicznej, pod warunkiem uprzedniej akceptacji tej formy przez odbiorcę faktury, zwanej dalej "akceptacją" (§ 3 ust. 1), natomiast o przechowywaniu i udostępnianiu ich organom podatkowym i skarbowym przepisy wskazują iż: Faktury wystawione lub otrzymane w formie elektronicznej przechowuje się na terytorium kraju w sposób umożliwiający, na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami, organów podatkowych lub organów kontroli skarbowej, natychmiastowy, pełny i ciągły dostęp drogą elektroniczną tym organom do tych faktur, w szczególności zapewnienie możliwości udokumentowanego poboru i wykorzystania tych faktur przez te organy, w tym ich wydruku, jak również zapewnienie czytelności tych faktur. (§ 6 ust. 1).

- Polskie przepisy nie pozwalają obecnie na przesyłanie faktur mailem – twierdzi Ministerstwo Finansów. Wielu podatników upatrywało jednak nadziei na zmianę wymogów dotyczących e-faktur po wyroku NSA z dnia 20 maja 2010 r. sygn. akt I FSK 1444/09, który dopuścił możliwość wystawiania i przesyłania faktur, a potem ich drukowania i przechowywania w formie papierowej. Wyrok ten jest jednak rozstrzygnięciem jednostkowym, aczkolwiek dotyczy prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych otrzymanych w formie niepapierowej, wydrukowanych następnie przez ich nabywcę i niebędących fakturą w postaci elektronicznej - mówi Monika Utrata.

W myśl tego wyroku, faktury sporządzone i przesłane w formie elektronicznej miałyby być następnie drukowane i przechowywane w formie papierowej przez obie strony transakcji: Naczelny Sąd Administracyjny podziela argumenty Strony, że posługiwanie się fakturami sporządzanymi i przekazywanymi w formie elektronicznej znacznie przyspiesza obrót gospodarczy oraz pozwala na pewne oszczędności. Posługiwanie się takimi fakturami, drukowanymi przez strony transakcji na papierze i w tej formie przechowywanymi, nie zmniejsza przy tym bezpieczeństwa obrotu prawnego w porównaniu z sytuacją, w której faktury od samego początku mają postać papierową i w takiej formie są przekazywane nabywcy.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że podatnicy mogą wystawiać faktury za pomocą programów komputerowych i wysyłać je elektronicznie. Jednocześnie podkreślił, że odbiorca faktury wystawionej w pliku pdf nie może jej przechowywać w komputerze. W ocenie NSA szczególny rygor w obrocie e-fakturami przewidziany w rozporządzeniu z 14 lipca 2005 r. (Dz.U. nr 133, poz. 1119) odnosi się do sytuacji, gdy faktura jest wystawiana, przesyłana i przechowywana w formie elektronicznej. Dokonując wykładni prowspólnotowej, NSA stwierdził, że to rozporządzenie nie odnosi się do przypadku, gdy faktura jest tylko wystawiana i przesyłana przez internet (wyrok NSA z 20 maja 2010 r., sygn. akt I FSK 1444/09, niepublikowany).

- Z orzeczenia wynika, że odbiorcy faktur, którzy chcą je przechowywać w formie elektronicznej, muszą stosować bezpieczny podpis elektroniczny z kwalifikowanym certyfikatem, lub wymianę danych elektronicznych (EDI). Faktury wystawione w pdf i przesłane e-mailem muszą być przechowywane w formie papierowej. Zapisanie ich tylko na dysku komputera może narazić firmę na kłopoty podczas kontroli - uważa Monika Utrata.

Zdaniem Moniki Utraty, w przyszłości najprawdodpodobniej dojdzie do nowelizacji przepisów dotyczących faktur elektronicznych. Trzeba jednak poczekać na zmiany w dyrektywie VAT (2006/112/WE), nad którymi pracuje obecnie Komisja Europejska. Dokument taki jest już wypracowany, ale jeszcze nie został przyjęty. Komisja Europejska chce więc ujednolicić przepisy dyrektywy o VAT w ten sposób, aby każdy podatnik w Unii Europejskiej, bez względu na to, w jakim kraju prowadzi działalność, mógł przesłać kontrahentowi fakturę w prosty sposób (np. mailem). Komisja proponuje więc zrównanie faktur elektronicznych z papierowymi. Faktury nie trzeba będzie potwierdzać podpisem elektronicznym lub za pomocą systemu EDI. Jak wskazano, jest to na razie prognoza przyszłych zmian w przepisach.