Jasno wynika zatem z treści przepisów, ale i także z wielu orzeczeń sądów administracyjnych, a także poglądów doktryny, że samo wystąpienie z wnioskiem o wydanie indywidualnej interpretacji nie powoduje przyznania ochrony zainteresowanemu, która wynika z jej treści. Co więcej nawet wydanie interpretacji, ale bez „zastosowania się” do niej także nie będzie powodowało możliwości powołania się na istnienie indywidualnej interpretacji i wynikającej z niej ochrony. Dopiero w momencie, kiedy zainteresowany „zastosuje się” do indywidualnej interpretacji działając w zaufaniu do niej będzie mógł liczyć na przyznanie ochrony prawnej.

Interpretacja nigdy nie będzie działała ex tunc tzn. od momentu jej sporządzenia i podpisania. Interpretacja będzie roztaczała ochronę dopiero po wprowadzeniu jej do obrotu, pomimo tego że na podstawie tej samej interpretacji podatnik będzie mógł uzyskać najwyższą ochronę w postaci zwolnienia z powinności zapłaty podatku w sytuacji, kiedy zdarzenie (ew. jego skutki) wystąpią po doręczeniu indywidualnej interpretacji.

Ustawodawca posługuje się wyrażeniem „zastosowanie się” (tak np. w przepisie art. 14k §1 O. p. „zastosowanie się do indywidualnej interpretacji (…) nie może szkodzić wnioskodawcy” oraz w art. 14m §1 O. p. „zastosowanie się do interpretacji (…) nie zwalnia z obowiązku zapłaty podatku”). nie definiując go jednak.

Mogą rodzić się więc problemy jak należy rozumieć słowo „zastosować się” na gruncie przepisów prawa podatkowego w odniesieniu do przepisów ochronnych (art. od 14k do 14m O. p.).
Jak wskazuje H. Filipczyk „zastosowanie się” do interpretacji to zgodność zachowania wnioskodawcy po otrzymaniu interpretacji indywidualnej z treścią tej interpretacji i może polegać na: rozliczeniu podatku zgodnie ze wskazówkami wynikającymi z indywidualnej interpretacji, ale także i dokonaniu korekty takiej deklaracji (w przypadku, kiedy po złożeniu przez podatnika deklaracji zostanie mu doręczona interpretacja), może polegać także na dokonaniu korekty zeznania podatkowego wraz ze złożeniem wniosku o stwierdzenie nadpłaty albo zapłacenie wynikłej zaległości podatkowej (H. Filipczyk, Indywidualne interpretacje prawa podatkowego – prawo i praktyka, Warszawa 2011, str. 133).

Wynika więc z tego, że u każdego wnioskodawcy zakres pojęcia „zastosowanie się” będzie inny, a różnice te w głównej mierze spowodowane są indywidualnością każdego stanu faktycznego w oparciu, o który wydawana jest indywidualna interpretacja. Nie ma zatem jednoznacznej odpowiedzi na pytanie jakie zachowania będą „zastosowaniem się” do indywidualnej interpretacji a jakie nie. U każdego bowiem podatnika zastosowanie się będzie mogło przybrać zupełnie inną formę, a stworzenie katalogu wariantów „zastosowania się” jest praktycznie niemożliwe i wydaje się bezcelowe.