Odpowiedź:
Niedobór o wartości 2000 zł należy zaksięgować jako koszt uzyskania przychodów.

Uzasadnienie:
W myśl art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2014 r. poz. 851 z późn. zm.) – dalej u.p.d.o.p. – kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1 u.p.d.o.p. Koszty poniesione w walutach obcych przelicza się na złote według kursu średniego ogłaszanego przez Narodowy Bank Polski z ostatniego dnia roboczego poprzedzającego dzień poniesienia kosztu.
Powyższe oznacza, że aby móc potrącić koszt uzyskania należy wykazać jego celowość i brak wyłączenia. Dodatkowo należy odpowiednio udokumentować koszt. 
Zacznijmy od wyłączeń. Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 5-6 u.p.d.o.p. nie uważa się za koszty uzyskania przychodów:
1) strat w środkach trwałych oraz wartościach niematerialnych i prawnych w części pokrytej sumą odpisów amortyzacyjnych;
2) strat powstałych w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te utraciły przydatność gospodarczą na skutek zmiany rodzaju działalności.
Wyłączenia te wskazują, że straty w innych składnikach majątku (w tym towarach handlowych) mogą być kosztem uzyskania. Skoro bowiem zakup towaru handlowego ma na celu uzyskanie przychodu, to wydatki na ten cel stanowią koszty uzyskania, nawet jeśli przychodu faktycznie nie uda się osiągnąć.
Podatnik niewątpliwie kupił lub wytworzył towary handlowe w celu uzyskania przychodów. Tym samym poniesione wydatki na ten cel stanowią koszty uzyskania przychodów. Odrębną rzeczą jest to, kiedy powinny być one potrącone (odjęte od przychodu). Najczęściej dzieje się to w momencie sprzedaży towarów. Nie tylko jednak sprzedaż daje prawo do kosztów uzyskania. Kosztem będą także niezawinione straty w towarze, a o nich mowa w pytaniu. W efekcie podatnik powinien zaliczyć  do kosztów całą stratę, a do przychodów kwotę odzyskaną od pracownicy. Stanowi ona bowiem przychód w rozumieniu art. 12 u.p.d.o.p. W myśl ust. 1 tego przepisu do przychodów zalicza się między innymi otrzymane pieniądze.

Paweł Ziółkowski

Odpowiedzi udzielono 8.11.2015 r.