W przedmiotowej sprawie wspólnicy aktem notarialnym podjęli uchwałę o przekształceniu z dniem 1 stycznia spółki cywilnej w spółkę z o. o. i jednocześnie zawarli umowę spółki przekształconej. Blisko dwa miesiące później spółka z o. o. została wpisana do Krajowego Rejestru Sądowego.

Zdaniem podatnika z dniem podpisania umowy spółki z o. o w formie aktu notarialnego cały majątek przekształcanej spółki cywilnej stał się własnością spółki z o.o. w organizacji, a zatem dochód uzyskany w tym okresie został opodatkowany przez osobę prawną – spółkę z o. o. w organizacji. Innymi słowy, zdaniem podatnika, przy przekształceniu spółki cywilnej w spółkę z o.o., w okresie od podpisania umowy spółki z o.o. do czasu dokonania jej wpisu do KRS, mamy do czynienia ze spółką z o.o. w organizacji.

Organ uznał jednak, że dochody uzyskane w spółce do dnia poprzedzającego wpis do KRS podlegały opodatkowaniu PIT, natomiast dochody uzyskane od dnia wpisu do KRS winny być opodatkowane w sposób określony w ustawie o CIT. Według organu spółka cywilna funkcjonuje w obrocie prawnym, do chwili wpisania do rejestru spółki, w którą została przekształcona. Skutkiem tego, sporządzenie w formie aktu notarialnego umowy spółki z o.o. nie oznacza, że z tą chwilą spółka cywilna automatycznie przekształca się w spółkę prawa handlowego.

Sprawa trafiła do NSA. Sąd kasacyjny przychylając się do rozstrzygnięcia organu podatkowego wskazał, że spółka z o.o. w organizacji jest kolejną fazą utworzenia "nowej" spółki z o. o., a nie spółki mającej powstać na skutek przekształcenia spółki cywilnej w spółkę z o.o. Specyfika przekształcenia polega bowiem na tym, że nie ma żadnych okresów przejściowych, a dzień przekształcenia jest aktem jednorazowym. Dopiero zatem z chwilą ujawnienia w rejestrze przedsiębiorców przekształconej spółki podmiot ten zyskuje zarówno osobowość prawną, jak i status przedsiębiorcy.

Tym samym według sądu w okresie od dnia podjęcia uchwały o przekształceniu do dnia poprzedzającego wpis do KRS podatnikami podatku dochodowego byli wspólnicy przekształcanej spółki cywilnej, którzy podlegali opodatkowaniu PIT.

Wyrok NSA z 13 listopada 2012 r., II FSK 657/11