Taki reżim nie wynika jednak wprost z przepisów rozporządzenia ministra pracy i polityki społecznej z 18 grudnia 1998 r. w sprawie szczegółowych zasad ustalania podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe. Zgodnie z jego par. 1 pkt 23 środki otrzymywane w zakładach pracy chronionej i zakładach aktywności zawodowej na rehabilitację zawodową, społeczną oraz leczniczą osób niepełnosprawnych, na podstawie odrębnych przepisów, z zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych albo zakładowego funduszu aktywności, z wyłączeniem wynagrodzeń finansowanych ze środków tych funduszy, wyłączone są z podstawy wymiaru składek. Zakład Ubezpieczeń Społecznych oraz Biuro Pełnomocnika Rządu ds. Osób Niepełnosprawnych zinterpretowały ten przepis w ten sposób, że firmy nie mające statusu zakładu pracy chronionej, które wypłacają świadczenia z zakładowego funduszu osób niepełnosprawnych muszą od pomocy socjalnej odprowadzić składki na ubezpieczenia emerytalne, rentowe, chorobowe i wypadkowe. Taki problem dotyczy tych pracodawców, którzy legitymowali się statusem zakładu pracy chronionej, ale potem go utracili, jednocześnie jednak zachowali prawo do prowadzenia zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych.

W konsekwencji takiej interpretacji przepisów część firm wstrzymała wypłatę świadczeń ze środków funduszu, a niewykorzystane pieniądze będzie musiała zwrócić do końca roku do Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych. Wszystko przez wyższe koszty związane z udzieleniem pomocy przez konieczność odprowadzania od nich składek.
Jarosław Duda, wiceminister pracy i polityki społecznej i pełnomocnik rządu ds. osób niepełnosprawnych, zapewnia że prowadzone są prace nad rozwiązaniem, które będzie korzystne dla niepełnosprawnych pracowników zatrudnionych w przedsiębiorstwach, które zmieniły swój status. Na tym etapie prac nie wiadomo jeszcze, czy wystarczy tylko wydanie nowego stanowiska, czy konieczna będzie zmiana w rozporządzeniu ministra pracy i polityki socjalnej z 18 grudnia 1998 r. Propozycję rozwiązania tego problemu przygotowała też Ogólnopolska Baza Pracodawców Osób Niepełnosprawnych (OBPON). W swojej opinii wskazuje, że to samo rozporządzenie z podstawy wymiaru składek zwalnia zapomogi losowe wypłacane w przypadku m.in. długotrwałej choroby.

Ogólnopolska Baza Pracodawców Osób Niepełnosprawnych uważa, że charakter zapomogi losowej ma pomoc indywidualna wypłacana ze środków z ZFRON. Jej przyznanie jest uzależnione od sytuacji materialnej i losowej pracownika, a posiadane przez niego orzeczenie o niepełnosprawności świadczy o chorobie, która wymaga leczenia w sposób stały lub przez długi okres. Organizacja wystąpiła już do ZUS z pytaniem, czy taka interpretacja jest zgodna z rozporządzeniem.