Rewolucją wydaje się być system ustalania wysokości odszkodowań za nieruchomości przejęte pod inwestycje kolejowe, gdyż odbywa się teraz na zasadzie bezpośredniej negocjacji PKP PLK z właścicielami lub użytkownikami wieczystymi, a decyzja administracyjna w tej sprawie wydawana jest jedynie w przypadku niepowodzenia negocjacji. System ten znacząco odciąża wojewodów od prowadzenia postępowań administracyjnych oraz przyspiesza wypłacanie odszkodowań, których wysokość ustalana jest na podstawie operatu szacunkowego sporządzonego przez rzeczoznawców majątkowych, według stanu nieruchomości w dniu wydania decyzji o lokalizacji linii kolejowej. Odszkodowania te podlegają waloryzacji na dzień wypłaty, według zasad analogicznych do tych, które stosuje się w przypadku zwrotu wywłaszczonych nieruchomości, aczkolwiek suma wysokości odszkodowania przysługującego dotychczasowemu właścicielowi lub użytkownikowi wieczystemu wraz z odszkodowaniem z tytułu wygaśnięcia ograniczonych praw rzeczowych nie może przekraczać wartości tejże nieruchomości lub prawa użytkowania wieczystego.

Kolejną bardzo głośną zmianą jest mocne zaakcentowanie przesłanki tzw. „słusznego odszkodowania”. Zmiana wynika głównie z dotychczasowego orzecznictwa Trybunału Konstytucyjnego, w którym podnoszono, iż „słuszne odszkodowanie” powinno mieć charakter ekwiwalentny do wartości wywłaszczonego dobra i dawać właścicielowi bądź użytkownikowi wieczystemu możliwość odtworzenia analogicznego stanu sprzed pozbawienia praw do nieruchomości. Dotychczasowy system odszkodowań oparty jedynie na wartości wywłaszczonego dobra gwarancji takiej absolutnie nie dawał. Należy przy tym pamiętać, iż dosłownie „słuszne” w teorii założenie, przyniesie w tym roku dość znaczne obciążenie wydatków publicznych, dlatego na organach odpowiedzialnych spoczywa odtąd nieprzyjemny obowiązek wyjątkowo racjonalnego wywarzenie dobra prywatnego i publicznego.

„Szybką ścieżkę inwestycyjną” przeciera w nowelizacji art.7, zakładający 5% powiększenie odszkodowania za przejęte nieruchomości w przypadku, gdy dotychczasowy właściciel lub użytkownik wieczysty wyda tę nieruchomość lub opróżni lokal i inne pomieszczenia niezwłocznie, tj. nie później niż w terminie 30 dni, od dnia, w którym decyzja o zezwoleniu na realizację inwestycji drogowej stała się ostateczna, bądź też od dnia zawiadomienia/doręczenia decyzji o nadaniu jej rygoru natychmiastowej wykonalności. Ponadto kwota odszkodowania została zwiększona o kwotę równą 10 000 zł w odniesieniu do nieruchomości zabudowanych budynkami mieszkalnymi, albo posiadającymi wydzielone lokale mieszkalne.

Zeszłoroczne wydatki na nieruchomości przeznaczone lub zajęte pod budowę dróg publicznych oraz linii kolejowych kształtowały się na poziomie 1,3 mld zł (w tym aż ok 70% na odszkodowania za nieruchomości niezabudowane).

Szacuje się, iż możliwość powiększenia odszkodowania za wcześniejsze wydanie nieruchomości oraz wypłacanie dodatkowej kwoty nominalnej, przyczyni się w tym roku do znacznie szybszego udostępnienia inwestorom nieruchomości objętych decyzją o zezwoleniu na realizacje inwestycji drogowo-kolejowej, lecz wydatki publiczne wypłacane z tego tytułu mogą wzrosnąć odpowiednio o kwoty równe 65 mln zł oraz 180 mln zł, zatem zgodnie z wstępnymi prognozami zmiana art. 9 Ustawy o transporcie kolejowym może przyczynić się do wzrostu wydatków publicznych o ok. 245 mln zł rocznie.

Nowelizacja ustawy o transporcie kolejowym porusza także temat lokalizacji linii kolejowych o znaczeniu państwowym. Do zadań PKP PLK należy odtąd występowanie bezpośrednio do wojewody o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej, system pomija Ministra Infrastruktury jako pośrednika na linii inwestor-wojewoda. Postępowanie kończy się decyzją, która jednocześnie przybiera postać decyzji wywłaszczeniowej.

Wszelkie wprowadzone zmiany są ściśle skupione wokół hasła „szybka ścieżka inwestycyjna” oraz dążą do pewnego uniezależnienia lokalizacji linii kolejowych od uwarunkowań budżetowych. Odszkodowania są odtąd wypłacane przez PLK, a nie jak dotychczas przez Skarb Państwa, a z dniem uprawomocnienia się decyzji PKP PLK nabywa od razu prawo użytkowania wieczystego gruntów oraz prawo własności budynków oraz innych urządzeń i lokali na nich się znajdujących. Dochód uzyskany przez PKP PLK z tytułu nabycia ww. praw jest zwolniony z podatku dochodowego oraz dodatkowych opłat. Zwolnienia nie są traktowane jako pomoc publiczna, dlatego też trudno będzie je skisło przyszłości zakwalifikować, jako te powodujące konkurencję na rynku Unii Europejskiej.