Ochroną konserwatorską objęte zostało założenie przestrzenne wraz z obiektami i zabytkami techniki, powstałymi od okresu funkcjonowania Stoczni Cesarskiej aż do 1989 r. O ochronę tych terenów od lat zabiegały organizacje społeczne, w tym Towarzystwo Opieki nad Zabytkami, środowiska konserwatorskie oraz mieszkańcy Gdańska, sprzeciwiając się planom jego zabudowy przez deweloperów. Od lat na terenach postoczniowych następowało sukcesywne burzenie zabytkowych obiektów przemysłowych i administracyjnych. Teren Stoczni został sprzedany pod działki inwestycyjne m.in. firmom deweloperskim, które miały wybudować tam osiedla mieszkaniowe oraz centrum handlowe. W tym celu powstała m.in. ulica Nowa Wałowa, która przecięła obszar od bramy nr 2 do dokowego wybrzeża na dwie części. Dziś na tym obszarze nie ma już budynku rezydencji Dyrekcji, modelarni, ani wzorcowni przy Jana z Kolna. Łącznie rozebrano kilkanaście obiektów przemysłowych. Gdański magistrat pozostaje bierny na apele społeczne postulujące ratowanie stoczniowej spuścizny. Również uchwalony w 2004 r. miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego dopuszcza budowę wysokościowców na tym terenie, co doprowadzi do zaburzenia osi widokowej i pozbawi miasto szczególnego charakteru miasta portowego. O problemach konserwatorskich zachowania tego wyjątkowego zabytku we wrześniu 2017 r. debatowała w Gdańsku Rada Ochrony Zabytków. Zwrócono uwagę na wyjątkową wartość historyczną Stoczni Gdańskiej, jako miejsca ważnych wydarzeń historycznych oraz przykładu architektury industrialnej, obrazującej historię przemian przemysłu stoczniowego.

źródło: www.mkidn.gov.pl, stan z 4.01.2018 r.