Celem zmian w ustawie, które  przedłożył minister środowiska, jest wprowadzenie do polskiego porządku prawnego przepisów dyrektywy Parlamentu Europejskiego i Rady 2008/56/WE z 17 czerwca 2008 r. Zostały w niej określone wspólne zasady, na podstawie których państwa członkowskie mają opracować własne strategie oraz programy ochrony i zachowania środowiska morskiego do 2020 roku. Obowiązujące w Polsce przepisy nie realizują w pełni polityki Unii Europejskiej w tej dziedzinie.
Zgodnie z założeniami, do projektu nowelizacji ustawy włączone zostaną nowe definicje, takie m.in. jak: strategia morska, region morski, stan środowiska wód morskich, zanieczyszczenia wód morskich.
Nowy projekt nowelizacji ustawy Prawo wodne będzie zawierał rozdział dotyczący ochrony środowiska wód morskich. Zadania związane z ochroną będą należały do administracji rządowej i samorządowej.
Dla wód morskich będzie ustanowiona strategia morska obejmująca: wstępną ocenę stanu środowiska morskiego, zestaw właściwości typowych dla dobrego stanu środowiska morskiego, zestaw celów środowiskowych dla wód morskich, program monitoringu tych wód oraz krajowy program ich ochrony.
Przewiduje się, że wstępną ocenę stanu środowiska wód morskich będzie przygotowywał Główny Inspektor Ochrony Środowiska (GIOŚ). Ocena ta ma być konsultowana z prezesem Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej, ministrem gospodarki morskiej i ministrem ds. rybołówstwa. Główny Inspektor Ochrony Środowiska będzie również sporządzał analizę podstawowych cech i właściwości wód morskich oraz obecnego ich stanu.
Będą w niej uwzględniane m.in.: topografia i batymetria dna morskiego, roczny i sezonowy rozkład temperatur oraz istnienie pokrywy lodowej, przestrzenne i czasowe rozłożenie zasolenia i składników biogennych, przeważające typy siedlisk na dnie morskim lub w słupie wody, ich identyfikacja, opisy zbiorowisk biologicznych, informacje o strukturze populacji ryb, ssaków i gadów oraz ptaków morskich.
Zakłada się, że przygotowana przez GIOŚ wstępna ocena stanu środowiska wód morskich będzie poprzedzona analizami przygotowywanymi przez różne podmioty, np.:
- prezes Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej będzie przygotowywał zestawienie uwzględniające takie m.in. zjawiska jak: znaczące zmiany systemu termicznego i poziomu zasolenia, obecność w wodzie związków syntetycznych, pestycydów oraz substancji czynnych biologicznie, metali ciężkich, węglowodorów, nawozów, patogenów drobnoustrojowych;
- minister ds. gospodarki morskiej ma przygotowywać zestawienie presji i oddziaływań antropogenicznych pochodzenia morskiego wraz z danymi. Chodzi m.in. o zmiany zamulenia, abrazje, hałas podwodny, odpady, wprowadzane związki syntetyczne i niesyntetyczne;
- minister właściwy ds. rybołówstwa będzie przygotowywał zestawienie dominujących presji i oddziaływań wywieranych na stan środowiska wód morskich, w tym presji i oddziaływań pochodzenia morskiego, wynikających z działalności rybackiej;
- minister ds. gospodarki morskiej - zestawienie dotyczące: przygłuszania, abrazji (powodowanej np. przez połowy handlowe), hałasu podwodnego powodowanego przez żeglugę morską, odpadów wrzucanych do morza.
Ponadto minister gospodarki morskiej ma przekazywać GIOŚ analizę ekonomiczną i społeczną użytkowania wód morskich oraz kosztów degradacji tego środowiska.
Zakłada się, że począwszy od 2018 roku będzie dokonywany przegląd wstępnej oceny stanu środowiska wód morskich. Konieczność aktualizacji poszczególnych elementów strategii morskiej wynika z przepisów dyrektywy. Zaktualizowaną wstępną ocenę będzie przyjmować Rada Ministrów. Po zatwierdzeniu przez rząd, zaktualizowana wstępna ocena ma być podana do publicznej wiadomości (przez okres 3 miesięcy). Będzie to czas umożliwiający społeczeństwu zgłaszanie uwag. Po tym okresie szczegóły aktualizacji zostaną przesłane do: Komisji Europejskiej, regionalnych konwencji morskich i zainteresowanych państw członkowskich.
Kolejny etap to przygotowanie projektu zestawu właściwości (kryteriów) typowych dla dobrego stanu środowiska wód morskich. Dokument taki ma być aktualizowany przez GIOŚ w cyklu 6-letnim. Mają być w nim uwzględnione m.in. normy środowiskowe dla wskaźników jakości: różnorodności biologicznej, jakości i występowania siedlisk, bogactwa gatunków, w tym utrzymania gatunków obcych wprowadzanych do ekosystemu, utrzymania populacji wszystkich ryb i skorupiaków, występowania elementów morskiego łańcucha pokarmowego, zachowania integralności dna morskiego czy zachowania na odpowiednim poziomie stężenia substancji zanieczyszczających. Zestaw ma być zatwierdzony przez rząd, a następnie uzgodniony z Komisją Europejską.
W skład strategii morskiej będzie wchodzić ponadto zestaw celów środowiskowych, w którym zostaną uwzględnione: główne i pośrednie cele środowiskowe dla wód morskich oraz terminy ich realizacji. Będzie je przygotowywać prezes Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej. Zestaw ma być przekazywany Komisji Europejskiej w ciągu 3 miesięcy od ich wyznaczenia.
Ważnym elementem strategii morskiej jest opracowanie i wdrożenie programu monitoringu wód morskich. Zadanie to ma wykonywać GIOŚ. Po zatwierdzeniu programu monitoringu przez Radę Ministrów, Główny inspektor, w terminie 3 miesięcy od opracowania programu, przekaże dokument Komisji i innym zainteresowanym stronom.
Ostatnim elementem wchodzącym w skład strategii morskiej i przekazywanym Komisji Europejskiej jest krajowy program ochrony wód morskich. Podstawą do opracowania programu ma być wstępna ocena stanu środowiska morskiego. W projekcie nowelizacji ustawy znajdą się szczegółowe przepisy dotyczące zakresu informacji, jakie powinien zawierać taki dokument oraz opisu działań, które należy wykonać. Program będzie przygotowywany we współpracy z właściwymi ministrami.