Czy organy kontroli skarbowej słusznie zakwestionowały prawo do odliczenia podatku VAT?

Pytanie

Firma X kupowała materiały budowlane od firmy Y. W ramach kontroli UKS w firmie Y stwierdził zaginięcie wszelkich dokumentów związanych z transakcjami między firmami. Właściciel firmy Y zeznał do protokołu, iż nie pamięta, od kogo kupował materiały budowlane sprzedawane następnie firmie X. Wobec powyższego, UKS wszczął kontrolę w firmie X i pod zarzutem odliczania podatku VAT z faktur, które zdaniem UKS nie dokumentowały obrotu towarowego, lecz były jedynie obrotem "papierowym", zakwestionował prawo do odliczenia podatku VAT z tych faktur. W wyniku tego nastąpiło ustalenie zobowiązania podatkowego w podatku VAT dla firmy X na kwotę ok. 1.000.000 zł.

Czy UKS w obowiązującym stanie prawnym postąpił zgodnie z prawem?