Wśród przepisów regulujących zasady audytu środków UE najistotniejsze znaczenie mają: rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące funduszy UE oraz rozporządzenie Komisji (WE) nr 1828/2006 z dnia 8 grudnia 2006 r. ustanawiające szczegółowe zasady wykonania ww. rozporządzenia.


Podmioty podlegające audytowi w zakresie środków UE określa ustawa z dnia 20 kwietnia 2004 r. o NPR (Dz. U. Nr 116, poz. 1206), wskazując na wszystkie instytucje uczestniczące w procedurze wykorzystania tych środków, a mianowicie:
– instytucja płatnicza – minister właściwy do spraw finansów publicznych, który przyjmuje od instytucji zarządzającej wnioski o płatność i weryfikuje te wnioski;
– instytucja zarządzająca – właściwy minister albo inny organ administracji publicznej odpowiedzialny za zarządzanie programem operacyjnym;
– komitet monitorujący – powoływany przez instytucję zarządzającą, zapewnia monitorowanie, ewaluację oraz ocenę efektywności wdrażania programu operacyjnego;
– instytucja pośrednicząca – jednostka podległa instytucji zarządzającej, której instytucja zarządzająca przekazała część uprawnień;
– instytucja wdrażająca (beneficjent końcowy) – jednostka, która jest odpowiedzialna za zlecenie realizacji projektu jednostce realizującej (beneficjentowi ostatecznemu);
– komisja oceny projektów – komisja powoływana przez instytucję wdrażającą, która ustala listę rankingową projektów rekomendowanych do akceptacji beneficjentowi końcowemu;
– jednostka realizująca projekt – beneficjent ostateczny.


Jednostką organizującą audyt projektów realizowanych w ramach polskich programów operacyjnych Narodowej Strategii Spójności na lata 2007–2013 jest Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, który jest też instytucją właściwą do wystawienia deklaracji zamknięcia pomocy.


W świetle „Wytycznych Ministerstwa Finansów do opracowania metodologii audytu wewnętrznego” zasadniczym celem audytu jest umożliwienie poświadczenia, że ustanowione systemy zarządzania i kontroli są odpowiednio wdrożone, posiadają adekwatną obsadę personelu, o odpowiednich kwalifikacjach i przeszkoleniu oraz sprawnie funkcjonują.


Przedmiotem audytu są w szczególności warunki, jakie muszą być spełnione, aby podmiot mógł skorzystać ze współfinansowania projektów ze środków funduszy UE, tj.:
– wdrożenie odpowiedniego systemu zarządzania środkami i kontroli ich wykorzystania;
– zatrudnienie audytora, a w podmiocie sektora finansów publicznych – wyodrębnienie w strukturze organizacyjnej jednostki komórki audytu wewnętrznego do oceny systemu kontroli i zarządzania środkami z funduszy UE;
– wydzielenie tych środków w ewidencji i sprawozdawczości danej jednostki.
Specyfika przedmiotu audytu w tym przypadku polega na tym, że:
– zostały ściśle określone cele wydatkowania środków oraz zasady ich rozliczania;
– występują rozbieżności kwalifikowania wydatków pomiędzy funduszami;
– w zarządzaniu tymi środkami bierze udział duża liczba różnych instytucji;
– znajdują zastosowanie krajowe i unijne przepisy prawne.


Organizator konkursu (instytucja wdrażająca) nie jest w stanie przewidzieć wszystkich kosztów kwalifikowalnych. Może natomiast określić w regulaminie konkursu, jakie wydatki nie mogą być kwalifikowane do refundacji. Kwalifikowalność kosztów jest rozpatrywana na etapie oceny budżetowej wniosku.


Kryteria, według których przeprowadza się audyt:
– legalność – zgodność działania z prawem;
– kompletność ewidencji – pozwalająca na sprawdzenie przebiegu operacji;
– rzetelność – zgodność ewidencji z rzeczywistym przebiegiem operacji;
– dokładność pomiaru – prawidłowość obliczeń;
– istnienie, wycena i jakość – nabywanych lub wnoszonych do projektu składników majątku lub nabywanych usług (np. przeszkolonych i szkolących);
– własność – potwierdzenie własności deklarowanych aktywów beneficjenta.


System audytu środków UE jest podstawowym elementem systemu ochrony tych środków jako środków publicznych i skutecznym elementem zarządzania tymi środkami. Prawidłowo przeprowadzone badanie audytowe powinno zapewnić właściwe wdrożenie programów pomocowych, potwierdzić zasadność żądanych wypłat oraz potwierdzić identyfikację słabych punktów i ryzyka w realizacji projektów, a także zapewnić realizację działań korygujących w celu wyeliminowania tego ryzyka.


Ścieżkę audytu można uznać za właściwą, jeżeli w odniesieniu do stosownego programu operacyjnego umożliwia ona stwierdzenie zgodności kwot poświadczonych Komisji Europejskiej z dowodami księgowymi i zapisami księgowymi, będącymi w posiadaniu instytucji certyfikującej, zarządzającej i beneficjentów oraz umożliwia weryfikację płatności na rzecz beneficjenta.