Zgodnie z treścią znowelizowanego art. 202 k.k.w., sprawcę, wobec którego wykonywany jest środek zabezpieczający, obejmuje się odpowiednim postępowaniem leczniczym, terapeutycznym i rehabilitacyjnym, a także resocjalizacyjnym, którego celem jest poprawa stanu jego zdrowia i zachowania, w stopniu umożliwiającym powrót do życia w społeczeństwie i dalsze leczenie w warunkach poza zakładem. Istotnym elementem analizowanych środków jest faktyczna izolacja sprawców, realizowana w specyficznych warunkach o charakterze medycznym, w sytuacji gdy jest to niezbędne, aby zapobiec ponownemu popełnieniu przez sprawcę czynu zabronionego (przestępstwa przez skazanego) związanego z jego chorobą psychiczną, upośledzeniem umysłowym lub uzależnieniem od alkoholu lub innego środka odurzającego, względnie zaburzeniem preferencji seksualnych (art. 93 k.k.). Izolacja czyni ze środków zabezpieczających instrumenty porównywalne z karą pozbawienia wolności.
W odniesieniu do leczniczych środków zabezpieczających zastosowanie będą miały wszystkie procedury przewidziane standardowo do ochrony praw osób, wobec których zastosowano środki o charakterze izolacyjnym. Wśród tych instrumentów k.k.w. wyróżnia:
- wnioski o wszczęcie postępowania przed sądem oraz zażalenia na postanowienia wydane w toku postępowania wykonawczego (art. 6 § 1 k.k.w.) oraz procedurę reformowania postanowienia w trybie art. 24 k.k.w., 
- skargi, wnioski i prośby kierowane do organów wykonujących orzeczenie
(art. 6 § 2 i 3 k.k.w.),
- tryb skargowy z art. 7 k.k.w. -kontrolę sprawowaną przez organizacje społeczne i komisje (organy) działające w ramach wykonywania kar i innych środków (art. 39 k.k.w.)
- sędziowski nadzór penitencjarny (art. 32–36 k.k.w.).
Z kolei do procedur kontrolnych obejmujących wykonywanie środków izolacyjnych umiejscowionych poza regulacjami kodeksu karnego wykonawczego należą mechanizmy międzynarodowej kontroli i ochrony praw człowieka,
- kontrola realizowana przez Rzecznika Praw Obywatelskich,
- skarga konstytucyjna
- kontrola parlamentarna
- monitoring sprawowany przez organizacje pozarządowe.
Autorzy uważają, że pewnej zmiany wymaga harmonizacja istniejących procedur, zwłaszcza w zakresie wzajemnego wykorzystywania wyników podejmowanych działań nadzorczych czy też kontrolnych. Wymiana informacji między organami kontrolnymi o charakterze medycznym a sędzią penitencjarnym, szczególnie w obszarze stwierdzonych nieprawidłowości leczniczych, może wyraźnie przełożyć się na większą skuteczność działań nadzorczych sędziego penitencjarnego, dysponującego dość rozległymi kompetencjami o charakterze ingerencyjnym. Niezależnie od tego konieczne wydaje uzupełnienie wiedzy sędziów penitencjarnych o wiadomości z zakresu psychiatrii oraz psychologii sądowej i penitencjarnej.