Natomiast zgodnie z przepisem art. 14c § 3 O. p., interpretacja indywidualna zawiera pouczenie o prawie wniesienia skargi do sądu administracyjnego. W aktualnym stanie prawnym (mając na uwadze przepisy art. 3 §2 ppsa i 14c §3 O. p.) nie ulega wątpliwości, że indywidualne interpretacje podlegają kontroli sądowej i każda może być zaskarżona.

Taka oczywistość nie występowała w stanie prawnym. obowiązującym do 31 grudnia 2004 roku, a więc do końca roku kiedy obowiązywały przepisy o pisemnych informacjach co do zakresu stosowania przepisów prawa podatkowego, wniesienie skargi do sądu administracyjnego nie było możliwe. Nie były one bowiem uznawane za akty lub czynności z zakresu administracji publicznej, które mogłyby dotyczyć uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa, co umożliwiałoby ich zaskarżenie (H. Dzwonkowski (red.) Ordynacja podatkowa, Rok 2008. Komentarz, Warszawa 2011). Skoro nie były takimi aktami lub czynnościami, nie mogły stanowić przedmiotu skargi - tak orzekł WSA w Warszawie w postanowieniu z dnia 23.9.2005 r., III SA/Wa 1423/05.

W stanie prawnym obowiązującym od 1 stycznia 2005 roku do 30 czerwca 2007 roku, wątpliwy był zakres kontroli sądowej indywidualnych interpretacji. Niepewność dotyczyła możliwości dokonywania sprawdzania zgodności z prawem interpretacji, które ona interpretuje.

Spekulacje te ostatecznie zamknęła uchwała NSA z dnia 8 stycznia 2007 roku, sygn. I FPS 1/06, LEX. Sąd uznał, że jest obowiązany do kontroli takich decyzji [decyzje administracyjne, wydane na podstawie art. 14b §5 O. p. -P. Sz.] również z punktu widzenia poprawności merytorycznej dokonanych w nich interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego. Innymi słowy NSA stwierdził, że tylko kontrola całościowa a zatem zawierająca i aspekt merytoryczny (obejmująca sprawdzenie co do zakresu i sposobu zastosowania przepisów prawa podatkowego) indywidualnych interpretacji dokonywana przez sądy administracyjne jest skuteczna i ma znaczenie dla skarżącego. Nie pozostaje więc wyłącznie fasadową i pozorną instytucją.

Aktualnie kontrola indywidualnych interpretacji dokonywana przez sądy administracyjne opiera się na trzech filarach. Po pierwsze, jest to ocena zgodności rozstrzygnięcia (decyzji lub innego aktu) lub działania z prawem merytorycznym. Po drugie, ocena proceduralna tj. czy doszło do dochowania wymaganej prawem procedury. Po trzecie, wreszcie ocena respektowania reguł kompetencji ( A. Kabat [w:] B. Dauter, B. Gruszczyński, A. Kabat, M. Niezgódka - Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi – komentarz, Kraków 2006, s. 15, za: Interpretacje podatkowe – kontrola merytoryczna również przed WSA, MoPod 3/2007, str. 51).

Podkreślenia wymaga fakt, że kontroli sądowo-administracyjnej podlegają wyłącznie indywidualne interpretacje, a nie inne dokumenty, które zostały wydane do czasu rozpoczęcia rozprawy jak np. odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszeń prawa. Takie ograniczenie wg H. Filipczyk nie jest jednak trafne. Autorka uważa bowiem, że trzeba je opatrzyć dodatkowym komentarzem kwalifikującym i przyznać, że odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszeń prawa może rzucić dodatkowe światło na stanowisko zajęte w interpretacji a zaprezentowane we wniosku i dlatego sąd winien także i z nią zapoznać się w toku sprawy (H. Filipczyk, Indywidualne interpretacje prawa podatkowego – prawo i praktyka, Warszawa 2011).

Jak już zostało wskazane indywidualna interpretacja jest aktem integralnym i wszystkie jej elementy należy traktować z taką samą uwagą ( tak przesądził między innymi WSA w Warszawie w wyroku z dnia 29.7.2008 r., sygn. III SA/Wa 492/08, LEX, gdzie zostało napisane, że interpretację indywidualna należy uznać za swoisty akt indywidualny organu podatkowego (…) składający się z rozstrzygnięcia i uzasadnienia o równorzędnym znaczeniu). Dlatego też nie można wykluczyć sytuacji kiedy to, pomimo zgodnego z twierdzeniem zainteresowanego stanowiska organu wyrażonego w indywidualnej interpretacji, rzeczony zainteresowany będzie chciał i tak złożyć skargę do sądu na interpretację. Powodów skłaniających skarżącego do tego może być wiele. Najważniejsze z nich to po pierwsze, uzasadnienie interpretacji nie pokrywa się z samym rozstrzygnięciem. I pod drugie, interpretacja nie jest jasna i precyzyjna i de facto podatnik winien się domyślać zawartego w niej rozstrzygnięcia. Podkreślić należy, że sąd administracyjny dokonuje kontroli zgodności z prawem wydanej przez organ podatkowy interpretacji według stanu na dzień jej wydania. Na tym etapie nie jest możliwe dokonywanie „uzupełnień” o nowe fakty lub o fakty znane wcześniej zainteresowanemu, ale dotychczas niepodnoszone.