Odpowiedź:
Również w przypadku przekształcenia spółki należy zastosować metodę FIFO.

Uzasadnienie
Przepisy ustawy z dnia 26 lipca 1991 o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn.: Dz. U. z 2012 r. poz. 361 z późn. zm.) – dalej u.p.d.o.f. w zasadzie nie przewidują prowadzenia gospodarki magazynowej, jedynie wyjątkowo posługują się niekiedy metodologią rozliczania stanów magazynowych.
Dochodem (art. 30b ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f.) ze zbycia wskazanych akcji jest różnica między sumą przychodów uzyskanych z tytułu odpłatnego zbycia akcji a kosztami uzyskania przychodów (cenie nabycia udziałów w spółce przekształcanej).
Ponieważ zbycie akcji nastąpi po różnych cenach a nie jest możliwe określenie ceny ich nabycia, przy ustalaniu dochodu FIFO (art. 24 ust. 10 u.p.d.o.f.).
Przekształcenie spółki z o.o. w spółkę akcyjną nie jest bowiem traktowane jak likwidacja spółki z o.o. (i zbycie czy umorzenie udziałów) i powstanie nowej spółki akcyjnej, a jedynie jako zmiana formy prawnej spółki z o.o. w spółkę akcyjną.
Do kosztów uzyskania przychodów z tytułu odpłatnego zbycia akcji przekształconej spółki akcyjnej można zaliczyć wydatki związane z pierwotnym objęciem (nabyciem) udziałów w spółce z o.o. W przypadku nabycia za pieniądze będzie to kwota odpowiadająca cenie. W efekcie kolejność potrącania kosztów będzie odpowiadała kolejności nabywania udziałów (FIFO). W przypadku, gdy jednemu udziałowi odpowiada jedna akcja będzie to proste, w przypadku innych proporcji konieczne byłoby zastosowanie tej proporcji i do kosztów. W takim jednak przypadku kosztem zbycia akcji będzie koszt nabycia odpowiadającego jej udziału np. przy zbyciu pierwszej akcji (osiągnięciu pierwszego przychodu, choćby była to akcja nr 235) należy rozpoznać pierwszy koszt (koszt pierwszego nabytego udziału).
Podobne stanowisko wyrażono m.in. w interpretacji Ministra Finansów z dnia 14 listopada 2011 r., IBPBII/2/415-932/11/MW.

Krzysztof Klimek, autor współpracuje z publikacją Vademecum Doradcy Podatkowego
Odpowiedzi udzielono 16.06.2015 r.