Podpisana przez prezydenta nowelizacja ustawy o VAT dostosowuje polskie prawo do trzech unijnych dyrektyw dotyczących m.in. miejsca świadczenia usług. Zgodnie z nią podatek ma być pobierany nie tam, gdzie ma siedzibę firma świadcząca usługę, a w kraju, gdzie siedzibę ma firma nabywająca usługi. Zdaniem rządu, który przygotował zmiany, takie rozwiązanie ułatwi firmom rozliczenia podatkowe.
Nowelizacja wprowadza miesięczny (zamiast kwartalnego) termin składania informacji o transakcjach przeprowadzonych między firmami z różnych krajów Unii Europejskiej. Mają być one składane do 15 każdego miesiąca, a nie jak obecnie do 25 dnia po zakończeniu kwartału. Zmiana ta ma zmniejszyć możliwości uchylania się od płacenia podatku.

Łatwiejsze będzie ubieganie się o zwrot VAT-u zapłaconego w innym państwie UE. Wniosek o zwrot podatku będzie można składać elektronicznie w polskim urzędzie skarbowym, który przekaże go do właściwego państwa.
Większość nowych przepisów ma wejść w życie 1 stycznia 2010 r. Część z nich - dotycząca miejsca opodatkowania usług związanych m.in. z kulturą, sztuką, sportem, nauką, edukacją i rozrywką - ma wejść w życie rok później, czyli od 1 stycznia 2011 r.
Tymczasem Komisja Europejska już po raz drugi nakazała Polsce zmienić przepisy dotyczące zwrotu VAT podatnikom mającym siedzibę w innym kraju UE, grożąc w przeciwnym razie pozwem do Trybunału Sprawiedliwości w Luksemburgu.
Zgodnie z ósmą unijną dyrektywą VAT podatnik, który został obciążony tym podatkiem w innym państwie członkowskim niż to, w którym ma siedzibę, ma prawo do zwrotu zapłaconego podatku. Ósma dyrektywa VAT przewiduje, że podatnik ma prawo wystąpić o zwrot VAT do organów podatkowych państwa członkowskiego, w którym został obciążony podatkiem VAT. Zwrot musi zostać dokonany w ciągu sześciu miesięcy od daty przedłożenia właściwemu organowi wniosku wraz ze wszystkimi niezbędnymi dokumentami.

Te unijne przepisy zostały wdrożone do polskiego prawa, ale KE uznała, że nieodpowiednio, gdyż procedury zwrotu VAT podatnikom niemającym siedziby w Polsce trwają w wielu przypadkach dłużej niż jest to przewidziane w przepisach. KE przyznaje , że dostała w tej sprawie wiele skarg.
Czas, jaki władze polskie przyznają na usunięcie błędów formalnych we wniosku, wynosi siedem dni. Jeżeli poprawiony wniosek nie wpłynie przed upływem tego okresu, podatnik traci prawo do zwrotu. Komisja uważa, że usunięcie błędów we wniosku w tak krótkim czasie jest niemożliwe lub nadmiernie trudne, co w praktyce podważa skuteczność prawa do zwrotu przysługującego podatnikom niemającym siedziby i przewidzianego w ósmej dyrektywie VAT.
Dlatego KE oficjalnie wezwała Polskę do zmiany procedur administracyjnych.
Apel ma formę tzw. uzasadnionej opinii i stanowi już drugi etap przewidzianego w traktacie postępowania karnego wobec kraju łamiącego unijne prawo. Jeżeli Polska nie zmieni przepisów w ciągu dwóch miesięcy, dostosowując je do unijnej dyrektywy, KE może zdecydować o skierowaniu sprawy do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.