Istotą refakturowania usług jest przeniesienie przez podatnika kosztów zakupu mediów, z których podatnik nie korzystał lub korzystał w ograniczonym zakresie, na najemcę. Przeniesienie następuje w wyniku zawartej pomiędzy stronami umowy najmu, na podstawie faktury VAT wystawionej z tą samą stawką VAT, bez doliczania marży.

Refakturowanie mediów przy umowach najmu było powszechnie akceptowane przez organy podatkowe. Od 1 kwietnia 2011 r., czyli nowelizacji ustawy o VAT organy podatkowe stoją na stanowisku, że opłaty za media powinny być wliczane do podstawy opodatkowania czynszu za wynajem lokalu, gdyż stanowią usługi poboczne w stosunku do najmu. Uważają również, że usługi te powinny być opodatkowane stawką właściwą dla usług najmu. Odmienne stanowisko prezentują sądy administracyjne.

W związku z powyższym jeżeli z umowy między stronami wynika odmienny sposób opodatkowania mediów to należy przyjąć, że są to odrębne usługi. Resort gospodarki podkreślił, że w takiej sytuacji nie ma podstaw do włączania kosztów mediów do podstawy opodatkowania usług najmu.