Nowelizacja dostosowała obowiązujące regulacje do decyzji Komisji Europejskiej z 2009 r. o uznaniu systemu podatku tonażowego w międzynarodowym transporcie morskim w Polsce za zgodny z wewnętrznym rynkiem Unii Europejskiej.

Od 1 stycznia obowiązują przepisy, zgodnie z którymi podatek tonażowy można płacić przez dziesięć lat. Warunkiem jest złożenie przez przedsiębiorcę żeglugowego deklaracji wyboru tej formy opodatkowania w okresie obowiązywania programu pomocowego. Nie można od niego odliczać składek na ubezpieczenie zdrowotne oraz społeczne. Zmiana dotyczy też przedsiębiorców zarządzających cudzymi statkami z obszaru Unii Europejskiej. Przedsiębiorcy mogą płacić podatek tonażowy pod warunkiem, że większość osób zatrudnionych przez nich na lądzie lub na statkach będą stanowić obywatele państw członkowskich UE.