W przedmiotowej sprawie podatniczka zwróciła się do fiskusa o wydanie interpretacji indywidualnej w sprawie dotyczącej opodatkowania odszkodowania za bezumowne korzystanie z lokalu. Podatniczka wyraziła swoje stanowisko. Fiskus nie zgodził się z tym stanowiskiem Interpretacja ta została następnie uchylona przez WSA.

Po oddaleniu skargi kasacyjnej organu wyrok WSA się uprawomocnił. 22 lutego 2013 r. do organu podatkowego wpłynęło prawomocne orzeczenie WSA wraz z aktami sprawy. Interpretacją indywidualną z 21 maja 2013 r. organ interpretacyjny ponownie uznał stanowisko podatniczki za nieprawidłowe. Podatniczka uznała jednak, że organ interpretacyjny przekroczył termin, o którym mowa w art. 14d Ordynacji podatkowej, w związku z czym w sprawie powinna obowiązywać tzw. interpretacja milcząca.

Zdaniem WSA, do którego najpierw trafiła sprawa wydania interpretacji zgodził się z podatniczką, że wydanie interpretacji dopiero 21 maja 2013 r. nastąpiło z uchybieniem 3 miesięcznego terminu, który upłynął 9 marca 2013 r., a nie - jak przyjął organ - z upływem 3 miesięcy liczonych od 22 lutego 2013 r. Zdaniem WSA w razie uchylania interpretacji w rezultacie jej zaskarżenia, poszczególne – "wykorzystane" już terminy sumuje się.

Sprawę ostatecznie rozstrzygnął NSA. Zdaniem sądu w razie uchylenia pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego, trzymiesięczny termin, o którym stanowi art. 14o § 1 Ordynacji podatkowej liczony jest "na nowo", tak jak gdyby wniosek o wydanie interpretacji upłynął w dniu doręczenia akt sprawy właściwemu organowi. Kasacyjny wyrok sądu administracyjnego przywraca bowiem stan początkowy, z dnia złożenia wniosku. Zaaprobowanie poglądu WSA prowadziłoby do całkowicie absurdalnego twierdzenia, że w skrajnej sytuacji, tj. w razie wydania pierwszej interpretacji na 1 dzień przed upływem ustawowego terminu, organowi pozostałby 1 dzień na powtórne wywiązanie się z nałożonego nań obowiązku. Wydanie zaś interpretacji w ostatnim dniu owego terminu powodowałoby, że jej wzruszenie przez sąd pozbawiałoby organ zdolności do działania, a do obrotu prawnego wchodziłaby automatycznie – niezależnie od treści oceny prawnej wyrażonej w uzasadnieniu wyroku sądowego – "milcząca interpretacja", co stawiałoby pod znakiem zapytania sens przeprowadzonych zabiegów kontroli sądowej.

W sprawie, w której zapadł zaskarżony wyrok akta sprawy przekazano organowi interpretacyjnemu w dniu 22 lutego 2013 r. Bieg tego terminu nie kończył się więc 9 marca 2013 r. Upływał on w rzeczywistości dopiero 22 maja 2013 r. A ponieważ organ wydał swoją interpretację 21 maja 2013 r., to oznacza, że termin został dochowany.

Wyrok NSA z 5 maja 2016 r., sygn. II FSK 834/14