W przedmiotowej sprawie podatnik zarzucił organowi podatkowemu naruszenie art. 14c § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej przez sprzeczność pomiędzy sentencją a uzasadnieniem interpretacji oraz brak wskazania prawidłowego, jednoznacznego stanowiska przy negatywnej ocenie stanowiska wnioskodawcy. Podatnik wniósł o uchylenie interpretacji.

Organ wskazał jednak, że zaskarżona interpretacja indywidualna została wyeliminowana z obrotu prawnego przez zastąpienie jej interpretacją o zmianie interpretacji, wydaną na podstawie art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej. Według organu zmieniona interpretacja została doręczona. Pełnomocnik podatnika oświadczył jednak, że zmieniona interpretacja indywidualna nie weszła do obrotu prawnego, ponieważ nie została doręczona zainteresowanemu, lecz na adres pełnomocnika, który w sprawie o zmianę interpretacji indywidualnej nie był pełnomocnikiem.

Rozstrzygając spór najpierw WSA w Warszawie uznał, że sprawa o wydanie interpretacji indywidualnej nie jest tożsama ze sprawą w przedmiocie zmiany interpretacji indywidualnej. Pierwsza sprawa toczyć się może bowiem wyłącznie w trybie wnioskowym (art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej), druga - w trybie działania z urzędu (art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej). W takim stanie rzeczy ustanowienie przez wnioskodawcę pełnomocnika w postępowaniu w przedmiocie wydania interpretacji indywidualnej nie jest równoznaczne z działaniem tegoż wnioskodawcy przez pełnomocnika także w sprawie dotyczącej zmiany interpretacji indywidualnej.

W konsekwencji brak należytego doręczenia sprawił, iż zmieniona interpretacja indywidualna z prawnego punktu widzenia nie weszła do obiegu prawnego i nie uczyniła postępowania sądowego bezprzedmiotowym, ani też nie kwalifikowała się do zaskarżania.

Podobnie NSA oddalając skargę kasacyjną organu podatkowego uznał, że dokonana przez Ministra Finansów z urzędu zmiana interpretacji indywidualnej nie stanowi części czy też kontynuacji prowadzonego na wniosek zainteresowanego postępowania w celu uzyskania dochodzonej przez zainteresowanego interpretacji.

Jeżeli pełnomocnictwo udzielone przez zainteresowanego w postępowaniu o wydanie indywidualnej interpretacji prawa podatkowego nie obejmuje czynności dotyczących zmiany interpretacji, zmieniona interpretacja powinna być doręczona zainteresowanemu, nie zaś pełnomocnikowi ustanowionemu w innym postępowaniu.

W rozpoznanej sprawie zmieniona interpretacja doręczona została natomiast nie zainteresowanemu, ale osobie, która pełnomocnikiem zainteresowanego w zakresie zmiany interpretacji nie była. Zmieniona interpretacja nie weszła więc do obrotu prawnego, to jest nie uzyskała znaczenia prawnego z tego powodu, że zainteresowany, któremu nie została doręczona, mógł nie mieć możliwości zastosowania się do niej.

Wyrok NSA z 11 stycznia 2012 r., II FSK 1242/10.