W większości przypadków wynagrodzenie powyższych podmiotów jest finansowane w znacznej części ze środków Unii Europejskiej, w mniejszej zaś ze środków publicznych (np. finansowane w 75% ze środków Unii Europejskiej, a w pozostałych 25% z budżetu państwa). Kwestią sporną przy interpretacji treści art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f.) jest samo pochodzenie środków bezzwrotnej pomocy, z której to finansowane są wynagrodzenia osób bezpośrednio realizujących cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. W praktyce oznacza to, że środki finansowe mogą być bowiem wypłacane bezpośrednio przez same instytucje międzynarodowe, bądź też za pośrednictwem podmiotów krajowych, za pomocą tzw. prefinansowania. I właśnie ta druga forma wypłacania środków pomocowych przysparza najwięcej problemów praktyce. W związku z powyższym urzędy skarbowe stosują zawężającą, więc niekorzystną dla podatnika interpretację przepisu art. 21 ust. 1 pkt 47 u.p.o.f. Taki pogląd organów podatkowych jest często kwestionowany przez sądy administracyjne (orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych w Rzeszowie (sygn. akt SA/Rz 490/07) i Krakowie (sygn. akt SA/Kr 1555/06). W ocenie np. wskazanego wyżej Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie w ustawie o PIT brak jest definicji słowa; „pochodzą”. Dlatego słowo „pochodzą” należy rozumieć jako sytuacja, gdy pewne środki finansowe dany podmiot początkowo wydatkuje ze środków własnych lub uzyskanych od Skarbu Państwa, a później następuje refinansowanie tych środków z np. Unii Europejskiej. Zdaniem WSA w Rzeszowie, samą istotą art. 21 ust. 1 pkt 47 u.p.d.o.f. jest fakt, że środki pochodzą z funduszy bezzwrotnych Unii Europejskiej.
Sprawa powyższych wątpliwości w interpretacji przepisu art. 21 ust. 1 pkt 47 u.p.d.o.f. stała się również przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 4674), skierowanej do ministra finansów. Zapytano w niej, czy podatnikowi realizującemu bezpośrednio cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy przysługuje zwolnienie od podatku od osób fizycznych, a jeśli tak, to na jakich zasadach podatnicy mogą się ubiegać o zwrot nadpłaconego podatku. Ponadto minister finansów został zobligowany do odpowiedzi na pytanie, czy podatnikowi, w przypadku gdy jego wynagrodzenie jest tylko częściowo finansowane ze środków opisanych w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., zaś w drugiej części jest pokrywane z budżetu państwa, przysługuje całkowite czy tylko częściowe zwolnienie od podatku.
Ministerstwo Finansów stwierdziło, że w powołanych już wyżej orzeczeniach WSA w Krakowie i WSA w Rzeszowie orzekły, że „środki z nich pochodzące służą realizacji polityki strukturalnej, której celem jest pomoc słabiej rozwiniętym regionom i sektorom gospodarek państw członkowskich. Środki te winny stanowić wsparcie konkretnych celów strukturalnych w państwie członkowskim, nie powinny zaś stanowić źródła wtórnego finansowania budżetu państwa. Art. 21 ust. 1 pkt 46 u.pd.o.f. jest właśnie realizacją ustawową powyższej zasady”. Zatem zdaniem wskazanych wyżej sądów dochody, których źródłem finansowania są fundusze strukturalne, co do zasady nie powinny podlegać opodatkowaniu.
W związku z tym Ministerstwo Finansów zauważyło, że w dniu 25 października 2007 r. Europejski Trybunał Sprawiedliwości (ETS) wydał w trybie prejudycjalnym wyrok (C-427/05) w sprawie Porto Antico di Genova SpA przeciwko Agenzia della Entrate Ufficio di Genova. Wniosek dotyczył rozstrzygnięcia kwestii, czy opodatkowanie dochodów sfinansowanych ze środków strukturalnych przez państwo członkowskie jest naruszeniem prawa wspólnotowego, a konkretnie art. 21 ust. 3 akapit drugi rozporządzenia Rady (EWG) nr 2082/93 (Dz.U. L 193 z 31.7.1993, str. 20), stanowiącego, że „płatności na rzecz końcowych beneficjentów nie podlegają potrąceniu lub wstrzymaniu, które mogłoby prowadzić do zmniejszenia kwoty przysługującego im dofinansowania”. ETS w powołanym wyroku stwierdził, że „art. 21 ust. 3 akapit drugi rozporządzenia Rady (EWG) nr 4253/88 z dnia 19 grudnia 1988 r. ustanawiającego przepisy wykonawcze do rozporządzenia Rady (EWG) nr 2052/88 w odniesieniu do koordynacji działań różnych funduszy strukturalnych między nimi oraz z operacjami Europejskiego Banku Inwestycyjnego i innymi istniejącymi instrumentami finansowymi, zmienionego rozporządzeniem Rady (EWG) nr 2082/93 z dnia 20 lipca 1993 r., należy interpretować w taki sposób, że krajowe przepisy podatkowe, takie jak art. 55 ust. 3 lit. b dekretu prezydenta republiki nr 917 z dnia 22 grudnia 1986 r., zgodnie z którym pomoc ze wspólnotowych funduszy strukturalnych jest uwzględniana przy ustaleniu podstawy opodatkowania, są zgodne z tym rozporządzeniem”.
Resort finansów podkreślił, że innymi słowy ETS, w przeciwieństwie do poglądu wyrażonego przez WSA w Krakowie oraz WSA w Rzeszowie, nie znalazł w przepisach wspólnotowych regulacji zabraniających państwom członkowskim opodatkowywania środków pochodzących z funduszy strukturalnych. Zatem urzędowa interpretacja przepisów ministra finansów z dnia 30 sierpnia 2006 r. znalazła potwierdzenie w powyższym orzeczeniu Trybunału Sprawiedliwości.