Nie jest wymagane także przedstawienie zaświadczenia potwierdzającego wpłatę w prawidłowej wysokości na właściwy rachunek co, jak pisze C. Kosikowski ( C. Kosikowski, Komentarz do art. 14 (f) ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja Podatkowa, [w:] C. Kosikowski, L. Etel, R. Dowgier, P. Pietrasz, S. Presnarowicz, M. Popławski, Ordynacja podatkowa, Komentarz, LEX, 2009, wyd. III), może okazać się bardzo uciążliwe dla ministra finansów, który by stwierdzić czy opłata została uiszczona, będzie musiał sprawdzić stan odpowiedniego rachunku bankowego budżetu państwa lub wzywać wnioskodawcę do okazania dowodu uiszczenia opłaty w terminie. Początkowo opłata za wydanie indywidualnych interpretacji wynosiła 75 zł., jednakże zgodnie z ustawą z dnia 10 lipca 2008 r. o zmianie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. z dnia 5 sierpnia 2008 r.) wynosi 40 zł.

Nieuiszczenie opłaty w terminie stanowi brak wniosku, który może być jednak usunięty przez wnioskodawcę. Właściwy organ interpretacyjny jest obowiązany wezwać wnioskodawcę do usunięcia takiego braku. Aktualnie prowadzone są w Ministerstwie Finansów prace mające na celu zmianę wysokości opłat za wydane indywidualne interpretacje. Zgodnie z założeniami do projektu ustawy o zmianie ustawy- Ordynacja podatkowa, o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (jest to wersja z dnia 14.4.2011 r., aktualnie projekt został skierowany na posiedzenie Stałego Komitetu Rady Ministrów) opłata od wniosku ma być zróżnicowana w zależności od rodzaju przedsiębiorcy, który o interpretację występuje. I tak opłata za jeden stan faktyczny wynosi 40 zł., jeżeli zainteresowanym jest mikroprzedsiębiorca; a 80 zł dla małego przedsiębiorcy; 200 zł. dla średniego przedsiębiorcy; 1 000 zł. dla dużego przedsiębiorcy; 40 zł. dla pozostałych. Tożsame zasady dotyczyć będą podmiotów zagranicznych oraz wspólników spółek osobowych.

Te proponowane zmiany dotyczące opłat za wydanie indywidualnych interpretacji, można różnie ocenić. Z jednej strony podniesienie opłat za wydanie interpretacji zrekompensuje koszty jakie ponoszą izby skarbowe w związku z pracami związanymi z wydawaniem interpretacji indywidualnych (zgodnie z informacjami podawanymi przez Ministerstwo Finansów koszt wydania jednej interpretacji wynosi około 1 000zł) i może okazać się skuteczną zaporą dla nadmiernej ilości składanych wniosków o wydanie indywidualnej interpretacji. Z drugiej zaś strony zróżnicowanie opłat wprowadzi uprzywilejowanie niektórych podmiotów – mikro- i małych przedsiębiorców.

W dalszej części obowiązującego obecnie przepisu art. 14f §2 O. p. ustawodawca przyjął zasadę, według której: jeden stan faktyczny równa się obowiązkiem dokonania jednej opłaty. Opłatę wnosi się więc za każdy stan faktyczny zawarty we wniosku. Trzeba odróżnić każdy kolejny stan faktyczny, który znajduje się we wniosku, od pytań doń zadawanych, których w odniesieniu do danego stanu faktycznego może być kilka lub kilkanaście (te pytania nie tworzą odrębnych stanów faktycznych ani zdarzeń przyszłych, od których należy pobierać osobne opłaty).
Stanem faktycznym albo zdarzeniem prawnym są określone we wniosku przyszłe lub przeszłe okoliczności faktyczne, o których interpretację podatnik występuje. Tej różnicy nie dostrzegł np. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie, który wezwał do uzupełnienia wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej (IP-PP2-443-251/08-2/BM, z dnia 31.3.2008 r., dostępna na stronie internetowej: www.mf.gov.pl) . Wezwanie to jednak było nieuzasadnione, gdyż podatnik dokonał opłaty w prawidłowej wysokości. Błąd leżał po stronie organu, który źle wywnioskował, że zainteresowany opisał więcej niż jeden stan faktyczny nieuiszczając przy tym opłaty a nie, że zadał on więcej niż jedno pytanie, ale w ramach tego samego stanu faktycznego (zob. Opłata za wydanie interpretacji indywidualnej, MoPod, 5/2008 s.52-53).

Opłatę należy uiścić w terminie 7 dni od dnia złożenia wniosku. Opłatę tę wnosi się bez wezwania organu gdyż obowiązek jej uiszczenia powstaje ex lege. Jeżeli wniosek nie zostanie w ogóle w terminie opłacony wówczas zostaje on pozostawiony bez rozpatrzenia, bez uprzedniego wezwania do dokonania zapłaty. Wydaje się wówczas postanowienie, na które przysługuje zainteresowanemu zażalenie.

Jeżeli jednak opłata zostanie wniesiona w wysokości odpowiedniej dla jednego stanu faktycznego, a we wniosku znajdują się dwa lub więcej stany faktyczne, wówczas interpretacja zostanie udzielona w odniesieniu do pierwszego w kolejności zawartego stanu faktycznego. Pozostałe zostaną bez rozpatrzenia.

Zgodnie z przepisem art. 14f §2a O. p. jeżeli podatnik opłaci wniosek w wysokości wyższej aniżeli potrzebna do nadania mu dalszego biegu, zwrot nienależnej opłaty następuje nie później niż w terminie 7 dni od dnia zakończenia postępowania w sprawie wydania interpretacji. Sytuacja, w której podatnik zapłacił więcej niż powinien może być spowodowana błędnym przeświadczeniem co do ilości stanów faktycznych zawartych we wniosku. Podatnik myśląc, że wniosek dot. dwóch stanów faktycznych wnosi opłatę w wysokości 80 zł podczas gdy de facto wniosek odnosi się tylko do jednego stanu faktycznego w oparciu o który zbudował dwa pytania. Wówczas kwota 40 zł zostanie podatnikowi zwrócona. Może być też sytuacja, w której podatnik opłaci wniosek, lecz organ uzna, że złożenie wniosku przez zainteresowanego jest niedopuszczalne.

Opłaty za wydawanie indywidualnych interpretacji przez ministra finansów stanowią dochód budżetu państwa. Kiedy organem właściwym do wydania indywidualnej interpretacji jest organ samorządu terytorialnego, opłaty stanowią dochód odpowiedniej jednostki samorządu terytorialnego.