Pomocny w rozwikłaniu tych wątpliwości może być wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 16 lutego 2009 r. , sygn. akt III SA/Wa 2422/08. W sprawie, która stała się przedmiotem rozpoznania sądu naczelnik urzędu skarbowego stwierdził, że podatnik (spółka) nieprawidłowo ujęła w ewidencji i rozliczyła w deklaracji VAT-7 za styczeń 2007 r. fakturę wystawioną przez jedną ze spółek z o.o., w związku z zawartą warunkową umową sprzedaży prawa wieczystego użytkowania nieruchomości.

Wystawienie powyższej faktury poprzedziło złożenie przez podatnika na przechowanie w depozycie notarialnym kwoty 73.200.000 zł, która to w przypadku zawarcia umowy warunkowej sprzedaży nieruchomości miała być wydana spółce z o.o. poprzez przelew na rachunek bankowy.
Do „Protokołu przyjęcia pieniędzy na przechowanie" przedstawiciele spółki złożyli oświadczenie, że zapłata ceny sprzedaży w kwocie 60.000.000 zł plus VAT nastąpi za pośrednictwem w/w rachunku depozytowego. W dniu 22 grudnia 2006 r. zawarta została wskazana wyżej umowa warunkowa, sporządzona w formie aktu notarialnego, w której strony umowy uzgodniły, że wydanie środków złożonych w depozycie notarialnym nastąpi w dwóch częściach.
W dniu 23 stycznia podatnik otrzymał fakturę i ujął ją w rejestrze zakupów za styczeń 2007r. oraz rozliczył ją w deklaracji VAT - 7 za styczeń 2007r. obniżając podatek należny za ten okres o całą kwotę podatku naliczonego wynikającego z tej faktury. Spółka otrzymała pieniądze z depozytu notarialnego w różnych terminach:
- kwota 60.000.000 zł została przelana na rachunek spółki z o.o. w dniu 22 grudnia 2006 r. tj. po zawarciu umowy warunkowej;
- kwota 13.200.000 zł podzielona została na dwie części: z czego 12.000.000 zł została przelana po przedstawieniu notariuszowi deklaracji VAT-7 sporządzonej przez spółkę z o.o., natomiast kwota 1.200.000 zł niezwłocznie po przedstawieniu notariuszowi zaświadczenia wydanego przez ZUS dla spółki z o.o., za okres do 31 grudnia 2006 r. potwierdzającego brak zobowiązań tej spółki względem ZUS oraz zaświadczenia wydanego przez naczelnika właściwego urzędu skarbowego dla spółki z o.o. za okres do 31 grudnia 2006r. potwierdzającego brak zobowiązań podatkowych tej spółki względem urzędu skarbowego.

Do zawarcia umowy przyrzeczonej doszło pomiędzy stronami w dniu 1 lutego 2007 r.
Naczelnik urzędu skarbowego uznał, że spółka naruszyła przepisy ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm., dalej: ustawa o VAT). Podkreśliły, że na podstawie art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. b ustawy o VAT możliwe jest odliczenie podatku z faktur potwierdzających dokonanie przedpłaty, jeżeli wiązały się one z powstaniem obowiązku podatkowego. Zatem w razie uiszczenia tej przedpłaty możliwe było skorzystanie przez spółkę z omawianego uprawnienia, ale było to skorelowane z powstaniem po stronie sprzedającego obowiązku podatkowego w momencie otrzymania przez niego właśnie tej części należności, w szczególności: przedpłaty, zaliczki, zadatku, raty - zgodnie z brzmieniem art. 19 ust.11 ustawy o VAT. Organ pierwszej instancji wskazał, że powstanie obowiązku podatkowego następuje w chwili otrzymania części należności przez podatnika, a nie jej zapłaty przez podmiot, na rzecz którego dokonywana jest dostawa lub świadczona usługa. Podkreślono także, że tego rodzaju rozwiązanie ustawowe stanowi odstępstwo od rozwiązań ogólnych i powinno być interpretowane ściśle jako wyjątek od reguły. W takiej zatem sytuacji, to otrzymanie zaliczki przez sprzedającego jest tym zdarzeniem, które rodzi powstanie obowiązku podatkowego. W ocenie organu podatkowego faktura zaliczkowa nie powinna być przy tym wystawiana przed otrzymaniem zaliczki. Faktury takie winny bowiem dokumentować otrzymanie zaliczki. W konsekwencji przed fizycznym otrzymaniem zaliczki przez sprzedającego (i powstaniem u niego obowiązku podatkowego) nie jest możliwe odliczenie podatku naliczonego przez kupującego na podstawie przedwcześnie wystawionej faktury. Organ podatkowy stwierdził, że samo złożenie przez podatnika środków na rachunku depozytowym notariusza (na przechowanie), nie było równoznaczne z otrzymaniem tych kwot przez sp. z o.o. Dopiero moment wpływu środków na rachunek bankowy spółki z o.o. stanowił otrzymanie przez nią należności od podatnika.

Organ podatkowy uznał, że faktura z dnia 22 grudnia 2006 r. dokumentuje jedynie otrzymanie przez spółkę z o.o. kwoty 60.000.000 zł i daje podstawę podatnikowi do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w kwocie 10.819.627 zł, a zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. b ustawy o VAT faktura ta nie stanowi podstawy do obniżenia podatku należnego w tej części, w której nie odpowiada rzeczywistym kwotom otrzymanym przez spółkę z o.o. w grudniu 2006 r., tj. ponad kwotę 60.000.000 zł.
Dlatego też naczelnik urzędu skarbowego organy odmówił spółce prawa do obniżenia w styczniu 2007 r. podatku należnego o podatek naliczony od zaliczek, których spółka z o.o. nie otrzymała w miesiącu wystawienia omawianej faktury.

Dyrektor izby skarbowej uchylił decyzję organu pierwszej instancji w części dotyczącej określenia kwoty różnicy podatku do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Organ podatkowy drugiej instancji podkreślił, że obowiązek podatkowy po stronie sp. z o.o. powstał w momencie otrzymania zaliczki, mimo, że faktura zaliczkowa została wystawiona przedwcześnie tj. przed datą faktycznego otrzymania zaliczki od podatnika, jak również przedwcześnie został zadeklarowany podatek należny przez sprzedawcę (w miesiącu wystawienia faktury). Skoro zatem została dokonana czynność, z którą ustawa wiąże obowiązek podatkowy, to podatek naliczony od kwoty faktycznie zapłaconej zaliczki podlega odliczeniu przez podatnika w miesiącu otrzymania faktury zaliczkowej, a więc w styczniu 2007 r. Na rachunek bankowy spółki z o.o. została przekazana do dnia otrzymania faktury zaliczkowej kwota 61.200.000 zł, a więc podatek podlegający odliczeniu w styczniu 2007 r. wynosi 11.036.066 zł. Dyrektor izby skarbowej nie zgodził się ze stanowiskiem podatnika, że złożenie pieniędzy w depozycie notarialnym stanowiło faktyczne otrzymanie zaliczki przez spółkę z o.o.. Firma nie mogła tą kwotą dysponować do chwili wpływu środków na jej rachunek bankowy. Notariusz przyjął na przechowanie pieniądze od podatnika w związku z dokonywaną w jego kancelarii czynnością, w celu wydania ich spółce z o.o., ponieważ zapłata ceny sprzedaży miała nastąpić w późniejszym terminie, a strony wniosły o jej przechowanie.

Sprawa na skutek skargi podatnika trafiła na wokandę Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Podkreślił w niej, że otrzymanie przez kontrahenta – spółkę z o.o. kwoty zaliczki nastąpiło w momencie uznania tą kwotą rachunku bankowego podatnika. Jego zdaniem, dla określenia momentu powstania obowiązku podatkowego u kontrahenta - decydujący był moment wpłaty pieniędzy notariuszowi, który był „podmiotem trzecim", uzgodnionym przez strony umowy. Zdaniem podatnika bez znaczenia jest to, kim jest podmiot trzeci oraz, czy i jakie stosunki prawne łączą go ze sprzedającym. Istotna jest data przyjęcia pieniędzy przez notariusza, a w ocenie podatnika nie data przekazania z depozytu notarialnego poszczególnych transz pieniędzy spółki z o.o.
Sąd oddalił skargę podatnika. W uzasadnieniu wyroku sąd powołując się na przepisy podnoszone już w toku postępowania podatkowego stwierdził, że niezależnie od tego jaka nieruchomość będzie stanowiła przedmiot dostawy obowiązek podatkowy powstaje w związku z otrzymaną należnością przez sprzedawcę nieruchomości. W ocenie sądu nie jest wiec wystarczające zapłacenie - przekazanie należności do depozytu notarialnego dla powstania obowiązku podatkowego konieczne jest otrzymanie zaliczki (należności) przez sprzedającego.

Sąd powołał się także na przepisy ustawy z dnia 14 lutego 1991 r. – Prawo o notariacie (tekst jedn. Dz.U. z 2008 r., nr 189, poz. 1158 z późn. zm.). Notariusz w związku z dokonywaną w jego kancelarii czynnością ma prawo przyjąć na przechowanie, w celu wydania ich osobie wskazanej przy złożeniu lub jej następcy prawnemu, papiery wartościowe albo pieniądze w walucie polskiej lub obcej. Dla udokumentowania tych czynności notariusz prowadzi specjalne konto bankowe. Z przyjęcia depozytu notariusz spisuje protokół, w którym wymienia datę przyjęcia, ustala tożsamość osoby składającej, datę mającego nastąpić wydania oraz imię, nazwisko i miejsce zamieszkania osoby odbierającej depozyt. Wydanie depozytu następuje za pokwitowaniem.
Mając na uwadze powyższe sąd stwierdził, że przekazanie kwoty zaliczki, czy też całej należności do depozytu notarialnego nie powoduje jej otrzymania przez sprzedającego nieruchomość. Sprzedający nie otrzyma należności z chwilą złożenia jej do depozytu notarialnego a dopiero z chwila wydania pieniędzy przez notariusza. W omawianej sprawie pieniądze z depozytu notarialnego zostały wypłacone w trzech częściach. Dwie w formie zaliczki, gdyż do ich przekazania doszło przed zawarciem umowy sprzedaży nieruchomości i jedna po dacie zawarcia umowy. Dlatego też otrzymanie części należności przez sprzedawcę powoduje u niego powstaniem obowiązku podatkowego. Jak stwierdził sąd oznacza to, że obowiązek podatkowy powstaje u sprzedającego dopiero z chwilą przekazania pieniędzy z konta depozytowego notariusza na konto sprzedawcy, gdyż dopiero z tą chwilą sprzedawca otrzymuje pieniądze.

Zdaniem sądu organy podatkowe słusznie przyjęły, że na podstawie art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. b) ustawy o VAT możliwe jest odliczenie podatku z faktur potwierdzających dokonanie przedpłaty, jednakże tylko jeżeli wiązało się to z powstaniem obowiązku podatkowego po stronie sprzedającego co nastąpiło w momencie otrzymania przez niego części należności zgodnie z art. 19 ust. 11 ustawy o VAT. W ocenie sądu faktury zaliczkowe winny być wystawiane po otrzymaniu zaliczki, gdyż mają na celu udokumentowanie jej otrzymania.
Sąd uznał, że podatnik błędnie uważa, że obowiązek podatkowy powstaje u sprzedającego z chwilą wpłaty pieniędzy do depozytu notarialnego- notariusza, który według podatnika jest podmiotem trzecim – uznał sąd.

Reasumując stwierdzić należy, że na podstawie art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. b) ustawy o VAT możliwe jest odliczenie podatku z faktur potwierdzających dokonanie przedpłaty, jeżeli wiązały się one z powstaniem obowiązku podatkowego. Zatem w razie uiszczenia tej przedpłaty możliwe było skorzystanie przez podatnika z prawa do odliczenia podatku, ale było to skorelowane z powstaniem po stronie sprzedającego obowiązku podatkowego w momencie otrzymania przez niego właśnie tej części należności, w szczególności: przedpłaty, zaliczki, zadatku, raty - zgodnie z brzmieniem art. 19 ust. 11 ustawy o VAT. Faktury zaliczkowe winny być wystawiane po otrzymaniu zaliczki, gdyż mają na celu udokumentowanie jej otrzymania.