Wyjaśnieniu tego problemu może służyć wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 28 maja 2008 r., sygn. akt I SA/Sz 314/07. W sprawie, która stała się przedmiotem rozpoznania sądu pracownicy urzędu miejskiego przeprowadzili kontrolę podatkową w celu sprawdzenia prawidłowości opodatkowania nieruchomości. Stwierdzili, że na tej nieruchomości prowadzona jest działalność gospodarcza - sklep i hale magazynowe płytek ceramicznych. Stwierdzono też, że działalność gospodarcza pod tym adresem została rozpoczęta 1 kwietnia 2001 r.

W związku z brakiem opodatkowania nieruchomości, zajętej na cele prowadzonej działalności gospodarczej prezydent miasta wznowił z urzędu postępowanie w sprawie ustalenia podatnikom zobowiązania podatkowego od nieruchomości za lata 2001-2005 za wskazaną wyżej nieruchomość. Według wyjaśnień podatników, w 2001 r. rozpoczęli działalność na powierzchni 90 m2 nie w pełni ukończonej powierzchni sklepowej, przy czym urzędnicy odmówili dokonania częściowego odbioru budowanego budynku, m.in. ze względu na brak podłączenia wszystkich wymaganych prawem mediów, czy brak pomieszczenia socjalnego. Ponadto wskazali, że w 2005 r. został ukończony pierwszy etap budowy części magazynowej (brak jeszcze tynków, posadzek) i w tym roku podatnicy rozpoczęli również działalność w tej części budynku. Na dowód, ze w latach 2001-2005 prowadzili działalność tylko na powierzchni 90 m kw. budynku podatnicy okazali wpisy do dziennika budowy. Zdaniem podatników dowodzi to, że część budynku była nieodstępna do użytkowania.

W konsekwencji prezydent miasta w wydanej decyzji przyjął, że skoro rozpoczęcie użytkowania części budynku nastąpiło w kwietniu 2001 r., to na podstawie art. 6 ust. 2 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (tekst jedn. z 2006 r., nr 121, poz. 844 z późn. zm.). obowiązek podatkowy w stosunku do całego budynku powstał z dniem 1 stycznia 2002 r. Ponadto prezydent miasta nie uznał za wiarygodne wyjaśnień podatników, że na poddaszu budynku nie mogła być prowadzona działalność.

Samorządowe kolegium odwoławcze (sko), do którego odwołali się podatnicy utrzymało w mocy decyzję prezydenta miasta. Według organu odwoławczego, przedmiot opodatkowania związany z prowadzeniem działalności gospodarczej nie traci tego charakteru przez sam fakt przeprowadzania w nim prac wykończeniowych. Wobec tego, skoro podatnicy w 2001 r. wskazali omawiany budynek jako miejsce wykonywania działalności gospodarczej, a z ustaleń organu podatkowego wynika, że w 2002 r. działalność była tam prowadzona, to brak jest podstaw do wyłączenia nieruchomości z użytkowania dla tych celów – stwierdziło SKO. Wyłączenie takie może nastąpić w przypadku wydania przez organ nadzoru budowlanego decyzji o opróżnieniu bądź wyłączeniu z użytkowania całości lub części budynku ze względu na jego zły stan techniczny zagrażający życiu lub zdrowiu. Zatem, jeżeli z materiału dowodowego zgromadzonego w toku postępowania wynika, że w 2002 r. obiekt istniał, nie podlegał rozbiórce i był w posiadaniu podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą, to podlega on opodatkowaniu według stawek przewidzianych dla nieruchomości związanych z działalnością gospodarczą – stwierdziło SKO.
Nie godząc się z powyższą decyzją podatnicy wnieśli na nią skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie.

Sąd uznał skargę za słuszną i uchylił decyzję SKO. W uzasadnieniu wyroku sąd podkreślił, że decyzja organu podatkowego została wydana z naruszeniem art. 6 ust. 2 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych. Stanowi on, że jeżeli okolicznością, od której jest uzależniony obowiązek podatkowy, jest istnienie budowli albo budynku lub jego części, obowiązek podatkowy powstaje z dniem 1 stycznia roku następującego po roku, w którym budowa została zakończona albo w którym rozpoczęto użytkowanie budynku lub jego części przed ich ostatecznym wykończeniem.

Jak stwierdził sąd, powyższy przepis określa moment powstania obowiązku podatkowego w stosunku do takich nowo budowanych przedmiotów opodatkowania, jak: budowla, budynek oraz część budynku, co do których budowa została ukończona, jak i do budynku oraz jego części, których budowa nie została zakończona, ale rozpoczęto użytkowanie budynku lub jego części przed ich ostatecznym wykończeniem. Momentem tym jest dzień 1 stycznia roku następującego po roku, w którym budowa została zakończona albo w którym rozpoczęto użytkowanie budynku lub jego części przed ich ostatecznym wykończeniem. Z punktu widzenia powstania obowiązku podatkowego traktuje się na równi fakt ukończenia budowy oraz fakt rozpoczęcia użytkowania budynku lub jego części przed formalnym ukończeniem budowy.

Z przepisu tego także wynika, że w przypadku rozpoczęcia użytkowania budynku lub jego części przed formalnym ukończeniem budowy, obowiązek podatkowy powstaje albo w stosunku do budynku, którego użytkowanie rozpoczęto, albo w stosunku do tej części budynku jeszcze nie w całości wybudowanego, której użytkowanie rozpoczęto. Pogląd przeciwny, zaprezentowany w decyzji SKO, zgodnie z którym rozpoczęcie użytkowania części nowo budowanego budynku rodzi obowiązek podatkowy w stosunku do całego budynku (projektowanego), skutkuje objęcie opodatkowaniem także tych części budynku, których budowy nawet nie rozpoczęto, co miało miejsce w omawianej sprawie – podkreślił sąd.

Sąd stwierdził, że z akt postępowania podatkowego, w szczególności z załączonych przez podatników kserokopii niektórych stron dziennika budowy, jak też z treści ich pism, wynika, że część budynku - część magazynowa nie została wybudowana jeszcze w roku 2004, co wynika gdyż chociażby z wpisu do dziennika budowy z dnia 11 września 2004 r. Także z dalszych wpisów do dziennika budowy dokonanych w roku 2005 wynika, że dopiero w marcu tego roku zakończono roboty budowlane w części magazynowej, jednak bez położenia tynków i wykonania posadzek. Tymczasem, organy podatkowe obu instancji do podstawy opodatkowania budynku przyjęły także całą powierzchnię części magazynowej już w latach podatkowych 2002-2005, chociaż budowa tej części budynku jeszcze na początku 2005 roku była kontynuowana, a rozpoczęcie jej użytkowania nastąpiło, według podatników, dopiero w marcu tego roku.
Jak podkreślił sąd, zaprezentowana przez organy podatkowe w tej sprawie interpretacja przepisu art. 6 ust. 2 ustawy podatkowej powodowała objęcie opodatkowaniem, nie tylko że nieprzyjętych do użytkowania, ale nieistniejących części nowo budowanego budynku. Stoi to w sprzeczności z założeniem racjonalności ustawodawcy.

Ponadto sąd stwierdził, że wadliwa interpretacja art. 6 ust. 2 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych dokonana przez organy podatkowe spowodowała też, że organy podatkowe nie wyjaśniły istotnych okoliczności dla rozstrzygnięcia sprawy, tzn użytkowanie których części nowo budowanego budynku podatnicy rozpoczęli w poszczególnych latach podatkowych, co do których wznowiono postępowanie podatkowe.

Z uwagi na powyższe uchybienia sąd stwierdził, że w ponownie przeprowadzonym postępowaniu podatkowym organy powinny, uwzględniając dane zawarte w przedłożonych przez podatników dokumentach, w szczególności w dzienniku budowy, uzupełnionym o nieprzedstawione przez podatników strony tego dziennika, przeprowadzić postępowanie podatkowe mające na celu ustalenie, jakie powierzchnie nowo budowanych części budynku były zajmowane przez podatników w poszczególnych latach, celem określenia prawidłowo momentu powstania obowiązku podatkowego oraz właściwej podstawy opodatkowania.
Reasumując wskazać należy, że w przypadku rozpoczęcia użytkowania budynku lub jego części przed formalnym ukończeniem budowy, obowiązek podatkowy powstaje albo w stosunku do budynku, którego użytkowanie rozpoczęto, albo w stosunku do tej części budynku jeszcze nie w całości wybudowanego, której użytkowanie rozpoczęto.