Główną przeszkodą w zapewnieniu pełnej transparentności jest brak prawnego obowiązku wyodrębniania przez OPP w ewidencji finansowo-księgowej zarówno przychodów z odpisu, jak i ponoszonych z tych środków kosztów administracyjnych. Z jednej bowiem strony OPP muszą - zgodnie z nałożonym przez ministra obowiązkiem - określać w sprawozdaniach cel, na jaki wydały środki pochodzące z 1 proc. odpisów, z drugiej zaś OPP nie mają prawnego obowiązku gromadzenia danych niezbędnych do sporządzenia rzetelnego sprawozdania. W konsekwencji blisko 30 proc. OPP nie uwzględnia w ogóle tych danych w sprawozdaniach, część organizacji podaje zaś wyłącznie dane szacunkowe.

Wciąż nie została też ustanowiona prawem reguła dotycząca wydatkowania środków pochodzących z odpisu 1 proc. na koszty administracyjne. NIK zwraca uwagę, że w interesie OPP byłoby jednoznaczne zapisanie, jaką część napływających środków i z jakiego źródła organizacje mogą wydawać na te koszty. Dzięki takiej regulacji, można byłoby jednocześnie zapewnić spokojne funkcjonowanie organizacji oraz transparentność rozliczeń.

Przeprowadzone przez NIK w ministerstwie badanie 50 sprawozdań merytorycznych OPP za lata 2011-2012 wykazało, że System sprawozdań OPP, który miał ułatwić składanie i publikowanie sprawozdań, nie umożliwiał weryfikacji wprowadzanych danych ani korygowania sprawozdań już opublikowanych. Problem stanowiły także nieprecyzyjne instrukcje we wzorze sprawozdania.

Kontrole przeprowadzone przez MPiPS wykazały, że część OPP nie przedkładała ministrowi ds. społecznych sprawozdań merytorycznych i finansowych. Organizacje te minister konsekwentnie wykreślał z rejestru OPP. W ten sposób w latach 2011-2013 status OPP utraciło odpowiednio 44, 371 i 338 organizacji. NIK zwraca jednak uwagę, że minister nie dysponuje wystarczająco szeroka skalą możliwych działań. W zasadzie w każdej sytuacji jedyną sankcją jest pozbawienie danej organizacji statusu OPP. W przypadku, gdy skala stwierdzonych nieprawidłowości jest niewielka - wydaje się to karą nadmiernie rygorystyczną.

Zdaniem NIK, aby ministerstwo mogło sprawować skuteczny nadzór nad środkami otrzymywanymi z „jednego procenta” powinny być one odrębnie ewidencjonowane. Poza wprowadzeniem prawnego obowiązku wyodrębniania środków z odpisu w ewidencji finansowo-księgowej, zdaniem NIK należy także ustanowić ustawowe reguły dysponowania tymi środkami, w odniesieniu do finansowania z nich kosztów administracyjnych.

W świetle ustaleń z kontroli w ocenie NIK zasadne jest wprowadzenie zmian w prawie umożliwiających m.in.:
- zobowiązanie OPP z rocznym przychodem przekraczającym np. 100 tys. zł do wyodrębniania przychodów z 1 proc. oraz kosztów administracyjnych;
- określenie jasnych i przejrzystych zasad dysponowania przez OPP środkami z odpisu 1 proc.;
- ujednolicenie wzoru sprawozdania z działalności OPP, tak, aby zmniejszyć ryzyko zamieszczania w sprawozdaniach nierzetelnych danych;
- przyjęcie szerszego katalogu sankcji, nakładanych za nieprawidłowości, który wykluczy konieczność wykreślanie organizacji z listy OPP w wyniku drobnych nieprawidłowości.