Już od 1 stycznia 2016 r. w ustawie o VAT zaczną obowiązywać zmiany w zakresie proporcji odliczania podatku przez podatników prowadzących działalność mieszaną (tj. działalność gospodarczą w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług oraz działalność niemającą charakteru gospodarczego).

W obecnie obowiązujących przepisach nie ma bowiem kryteriów służących ustaleniu proporcjonalnej części podatku naliczonego do odliczenia w przypadku wykorzystywania przez podatników towarów i usług do celów działalności mieszanej, w przypadku gdy nie jest możliwe bezpośrednie przyporządkowanie podatku do poszczególnych rodzajów działalności. Nie oznacza to jednak, że możliwe jest całkowite odliczenie podatku w takim przypadku (również w zakresie związanym z działalnością inną niż działalność gospodarcza w rozumieniu ustawy o VAT). Podatnik jest obowiązany do ustalenia sposobu określenia proporcji, przy czym z przepisów nie wynika wprost, aby sposób ten musiał najlepiej odzwierciedlać specyfikę działalności danego podatnika. Wybór metody podziału podatku naliczonego związanego z działalnością gospodarczą oraz działalnością „pozavatowską" należy zatem do podatnika, który przy wyborze metody powinien mieć na uwadze prounijną wykładnię przepisów.

Od 1 stycznia 2016 r. ten stan ulegnie zmianie. Do ustawy o VAT wprowadzone zostaną zasady dotyczące wyliczania stosownego współczynnika (proporcji) umożliwiającego odliczenie podatku naliczonego w prawidłowej wysokości w odniesieniu do nabywanych towarów i usług wykorzystywanych do celów mieszanych. W ustawie znajdą się też przykładowe metody służące proporcjonalnemu odliczaniu VAT.

Pod kątem tych przepisów resort finansów przygotowuje rozporządzenie w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników . Minister finansów w przypadku niektórych podatników może bowiem określić sposób określenia proporcji uznanego za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez nich działalności i dokonywanych przez nich nabyć oraz wskazania danych, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem tego sposobu określenia proporcji. Minister musi tu jednak uwzględnić specyfikę prowadzenia działalności przez niektórych podatników i uwarunkowania obrotu gospodarczego.

Projektowane rozporządzenie dotyczy: jednostek samorządu terytorialnego (dalej: JST) oraz utworzonych przez nie samorządowych jednostek budżetowych, tzn. obsługujących jednostki samorządu terytorialnego urzędów działających w formie samorządowej jednostki budżetowej i pozostałych samorządowych jednostek budżetowych oraz samorządowych zakładów budżetowych, państwowych jednostek budżetowych, uczelni publicznych, oraz instytutów badawczych.

Wskazanie tym podmiotom sposobu określenia proporcji uznanego w ich przypadku za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych przez nich nabyć ma im ułatwić określenie najwłaściwszego sposobu obliczenia podatku podlegającego odliczeniu. Ma to im także zagwarantować pewność prawa oraz zminimalizować ewentualne przyszłe spory z fiskusem.

Co ważne podmioty do których kierowane jest to rozporządzenie nie muszą stosować zawartych w nim zapisów. Mogą stosować inny - bardziej w ich ocenie - reprezentatywny sposób określenia proporcji, przy czym rezygnując ze stosowania rozporządzenia nie skorzystają z pewności prawa gwarantowanej tym aktem.
W przypadku j.s.t. sposób określenia proporcji będzie ustalany odrębnie dla każdej z utworzonych jednostek organizacyjnych realizujących jej zadania. Jeśli j.s.t. i obsługujące ją samorządowe jednostki budżetowe będą jednym podatnikiem, to i tak j.s.t. będzie rozliczała koszty ogólne każdej z utworzonych przez siebie jednostek organizacyjnych, według sposobu określenia proporcji ustalonej dla tej jednostki.