Wyjaśnieniu tej kwestii może służyć wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 29 listopada 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 1516/07. W sprawie, która stała się przedmiotem rozpoznania sądu spółka telekomunikacyjna wynajmuje miejsca na stacjach bazowych położonych na wieżach telefonii komórkowej innym operatorom telekomunikacyjnym. Zawierane umowy najmu przewidują, że czynsz z tytułu najmu będzie płatny miesięcznie, każdorazowo w terminie 30 dni od daty wystawienia faktury VAT. Z powodu braku przepływu informacji między komórką wystawiającą faktury a zarządem spółki część faktur wystawiono z zaniżoną kwotą czynszu. Wynikało to z faktu nieuwzględnienia przez osobę wystawiającą faktury postanowień aneksów do umów najmu podwyższających stawkę czynszu. W przypadku takich faktur zachodziła konieczność wystawienia faktur korygujących, które podwyższyłyby podatek należny wykazany w fakturze pierwotnej.
W związku z powyższym spółka powzięła wątpliwość co do sposobu, w jaki należy ująć tego typu faktury korygujące w rozliczeniach VAT. Spółka złożyła wniosek o wydanie wiążącej interpretacji podatkowej. Jej zdaniem, korekta obrotu w podatku VAT wywiera skutek na dzień wystawienia faktury korygującej.
Organy podatkowe uznały stanowisko spółki za nieprawidłowe. Ich zdaniem, z uwagi na fakt, że to pierwotna faktura była wystawiona w sposób błędny, jej korekta powinna być ujęta w ewidencji i deklaracji w miesiącu wystawienia faktury pierwotnej. W ocenie organów podatkowych skutek faktur korygujących zależy od powodu ich wystawienia. Jeżeli czynsz określony w pierwotnej fakturze jest zbyt niski i niezgodny z postanowieniem umowy, to faktura korygująca nie wywiera skutku w miesiącu jej wystawienia, a w miesiącu wystawienia faktury pierwotnej.
Spółka złożyła skargę na decyzję dyrektora izby skarbowej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.
Sąd uznał skargę spółki za bezzasadną i ją oddalił. W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że moment powstania obowiązku podatkowego z tytułu zawartej umowy najmu został określony w art. 19 ust. 13 pkt 4 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.). Zgodnie z tym przepisem w stosunku do usług najmu powstanie obowiązku podatkowego powiązane zostało z otrzymaniem całości zapłaty, jednak nie później niż z upływem terminu płatności określonego w umowie lub fakturze. Oznacza to, że jeśli umowy przewidywały powstanie należności w okresach miesięcznych, to nawet przy braku wystawionych faktur powstała z tego tytułu należność i obowiązek podatkowy. Niezależnie od wysokości kwoty wykazanej na fakturze, również gdy faktura nie opiewa na całą kwotę należną, podstawą do obliczenia podatku jest kwota należna, wynikająca z umowy.
Sąd przyznał rację organom podatkowym, że skoro otrzymana przez podatnika kwota czynszu jest inna od tej, na jaką opiewa faktura pierwotna, to faktura ta w istocie nie odzwierciedla rzeczywistych rozmiarów powstałego już z mocy prawa obowiązku podatkowego i zobowiązania podatkowego. Innymi słowy faktura taka nie opiewa na całą – znaną w dacie jej wystawienia – kwotę świadczenia należnego od nabywcy, a więc zawiera pomyłkę w cenie, o której mowa w § 17 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 95, poz. 798 z późn. zm., dalej jako: rozporządzenie wykonawcze). Konsekwencją takiego stanu rzeczy jest nieprawidłowe ustalenie podstawy opodatkowania, a także zadeklarowanie zobowiązania podatkowego (kwoty zwrotu różnicy podatku, kwoty zwrotu podatku naliczonego) w niewłaściwej wysokości. Jak podkreślił sąd, wystawienie w takiej sytuacji faktury korygującej opisany wyżej błąd nie kreuje nowej sytuacji prawnej - w części objętej korektą – lecz stwierdza (ze skutkiem wstecznym) stan, jaki powinien być uwidoczniony na fakturze pierwotnej.
Jak stwierdził sąd, ważna jest przyczyna wystawienia faktury korygującej. Jeśli faktura ta ma na celu naprawienie błędu, poprzez który zaniżono kwotę podatku wykazanego w pierwotnej fakturze, spółka powinna ująć taką fakturę korygującą w rejestrze sprzedaży w miesiącu wystawienia faktury pierwotnej i skorygować deklarację VAT-7 za ten miesiąc. W przypadku natomiast gdy fakturę korygującą wystawia się z powodu zaistnienia innych przyczyn, określonych w § 16 i 17 wskazanego wyżej rozporządzenia z 25 maja 2005 r. (np. podwyższenia ceny sprzedaży), które zaistniały po dokonaniu pierwotnej sprzedaży, korektę rozlicza się na bieżąco. Ujmuje się ją w rejestrze sprzedaży w miesiącu wystawienia faktury korygującej i w deklaracji za ten sam miesiąc.
W ocenie sądu w rozporządzeniu wykonawczym z dnia 25 maja 2005 r. nie określono jednoznacznie skutków zaniżenia ceny na fakturze. Nie zwalnia to jednak podatnika z obowiązku stosowania się do przepisów ogólnych.
Reasumując stwierdzić należy, że sposób rozliczania faktury korygującej, która podwyższa podatek należny, wykazany na fakturze pierwotnej, zależy od przyczyny dokonania korekty. Jeżeli faktura pierwotna była nieprawidłowa już w momencie jej wystawiania, a faktura korygująca została wystawiona w celu podwyższenia zaniżonej kwoty podatku, to korektę należy rozliczyć w miesiącu wystawienia faktury pierwotnej. W sytuacji gdy faktura pierwotna była wystawiona prawidłowo, a konieczność wystawienia faktury korygującej wiązała się z okolicznościami, które zaistniały już po dokonaniu pierwotnej sprzedaży, korektę rozlicza się na bieżąco, co oznacza, ze ujmuje się ją w rejestrze sprzedaży w dacie jej wystawienia. Dotyczy to na przykład podwyższenia ceny po wystawieniu faktury.