Odpowiedź:
Ze względu na niemożność dokonania rejestracji z datą wsteczną moim zdaniem w celu wyjaśnienia całej sytuacji należałoby złożyć do urzędu skarbowego pismo informujące o powyższej sytuacji z tzw. „czynnym żalem.”
Uzasadnienie:
Jak wynika z  z przepisu art. 97 ust. 3 pkt 2  ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054, z późn. zm.) – dalej u.p.t.u.  przepis ust. 1 stosuje się odpowiednio również do podatników, o których mowa w art. 15, innych niż wymienieni w ust. 1 i 2, którzy  świadczą usługi, do których stosuje się art. 100 ust. 1 pkt 4, dla podatników podatku od wartości dodanej lub osób prawnych niebędących takimi podatnikami, zidentyfikowanych na potrzeby podatku od wartości dodanej.
A zatem podatnicy świadczący usługi na rzecz podatników z innych państw członkowskich powinni się zarejestrować dla celów VAT-UE. Obowiązek ten dotyczy także podatników VAT zwolnionych. Powinniście zatem Państwo złożyć druk VAT-R, na którym należy wskazać, iż  nadal korzystacie Państwo ze zwolnienia z art. 113 u.p.tu., zaś rejestracja, o której tu mowa, jest dokonywana tylko w związku ze świadczeniem usług wewnątrzwspólnotowych.
W związku ze świadczeniem tych usług jest także obowiązek składania informacji podsumowującej VAT-UE (część C). Do składania tych informacji – jak wynika z art. 100 ust. 1 pkt 4 u.p.t.u. - zobowiązani są podatnicy świadczący  usługi na rzecz podatników z innych państw członkowskich.  Należało więc złożyć informację VAT-UE. Obowiązek ten obciąża także podatników zwolnionych z VAT na podstawie art. 113 u.p.t.u.
Należy zwrócić uwagę, iż  rejestracja VAT-UE nie może zostać dokonana z mocą wsteczną. Jak orzekł WSA w Warszawie w wyroku z dnia 15 lipca 2009 r., III SA/Wa 202/09, „termin do dokonania zgłoszenia jest terminem prawa materialnego, co oznacza, że nie ulega on przywróceniu. Konsekwencją powyższego stanowiska jest okoliczność, że nawet w razie rozpoczęcia działalności przed datą dokonania zgłoszenia rejestracyjnego, podatnik nie może żądać, by organ podatkowy zarejestrował go z datą wcześniejszą niż data zgłoszenia".
W związku z powyższym w zaistniałej sytuacji ze względu na niemożność dokonania rejestracji z datą wsteczną moim zdaniem w celu wyjaśnienia całej sytuacji należałoby złożyć do urzędu skarbowego pismo informujące o powyższej sytuacji z tzw. „czynnym żalem.”

Artur Kowalski, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego
Odpowiedzi udzielono 20.04.2015 r.