Obecnie przedsiębiorcy prowadzący działalność w SSE, którym cofnięto zezwolenie są zobowiązani do zapłaty podatku dochodowego na zasadach ogólnych. Nie ma natomiast regulacji, które dotyczą sytuacji gdy przedsiębiorca sam rezygnuje z prowadzenia działalności w strefie.
Przygotowywana regulacja zakłada, że na wniosek przedsiębiorcy minister gospodarki stwierdzał będzie wygaśnięcie zezwolenia. Podobnie jak w przypadku cofnięcia zezwolenia minister powinien przekazać naczelnikowi urzędu skarbowego kopię wydanej decyzji. Wówczas naczelnik urzędu skarbowego wyda decyzję określającą kwotę pomocy podlegającą zwrotowi.
W stosunku do przedsiębiorców, którzy skorzystali ze zwolnienia podatkowego w latach dla których upłynął 5-letni okres określony w ustawie - Ordynacja podatkowa, nie będą zobowiązani do przechowywania pełnej dokumentacji podatkowej za tamte lata oraz okres przedawnienia nie ulegnie wydłużeniu.
Nowe regulacje nie będą dotyczyć przedsiębiorców działających w oparciu o zezwolenia wydane do końca 2000 roku.