Orzecznictwo sądów administracyjnych wskazuje na niezgodność art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535, dalej jako: ustawa o VAT) z prawem Unii Europejskiej. Przykładem może być wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 30 kwietnia 2008 r., sygn. akt III SA/Wa 173/08. W sprawie tej spór między spółką a organami podatkowymi dotyczył prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia usług związanych z inwestycjami, które po pewnym czasie zostały uznane za zaniechane. Spółka dokonała inwestycji w infrastrukturę, od poniesionych wydatków odliczyła VAT. Następnie zaniechała tej inwestycji. W myśl przepisu art. 16 ust. 1 pkt 41 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. 2000 r., nr 54, poz. 654, dalej jako: u.p.d.o.p.) wydatki na zaniechane inwestycje nie mogą być zaliczane do koszów uzyskania przychodów. Na podstawie art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT nie można odliczać podatku naliczonego, zapłaconego przy dokonywaniu wydatków, które nie mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu ustaw o podatkach dochodowych. Oznacza to, że w razie zaniechania inwestycji spółka utraciła prawo do odliczenia VAT zapłaconego przy zakupach, które tej inwestycji towarzyszyły.

Spółka chciała wiedzieć, czy wskazany wyżej przepis art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT jest zgodny z prawem wspólnotowym. W związku z tym złożyła wniosek o wydanie wiążącej interpretacji podatkowej, w którym wyraziła pogląd, że przepis art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT naruszał art. 17 VI Dyrektywy VAT z 1977 r. (obecnie jest to art. 176 Dyrektywy 2006/112/WE), a zatem był nieskuteczny. Przepis art. 17 VI Dyrektywy VAT przewidywał generalne prawo odliczania VAT zapłaconego przy zakupie towarów i usług na potrzeby działalności gospodarczej. Zdaniem podatnika państwa członkowskie mogą utrzymywać istniejące restrykcje w odliczaniu VAT tylko w stosunku do konkretnych kategorii towarów i usług, nie zaś kategorii określonych niekonkretnie, jak to ma miejsce na gruncie polskiej ustawy o VAT w art. 88 ust. 1 pkt 2. Spółka wskazała też, że Europejski Trybunał Sprawiedliwości w wielu wyrokach prezentował stanowisko, że przy interpretacji art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy należy mieć na uwadze art. 11 ust. 4 II Dyrektywy VAT z 1967 r. Przepis ten dopuszcza wprowadzanie zakazów w zakresie odliczania VAT tylko w stosunku do określonych towarów i usług, nie zaś do towarów i usług określonych w sposób niekonkretny i niewymienionych z nazwy.

Organy podatkowe obu instancji uznały stanowisko spółki za nieprawidłowe. W ich ocenie, art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT jest odpowiednikiem art. 25 ust. 1 „starej” ustawy o VAT z 1993 r. Dlatego też, zdaniem organów podatkowych, nie można mówić o ustanowieniu nowego ograniczenia w zakresie odliczania VAT po wejściu Polski do Unii Europejskiej.

Sprawa na skutek skargi spółki trafiła na wokandę Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Sąd uznał argumenty podawane przez spółkę za słuszne i uchylił oba rozstrzygnięcia organów podatkowych. W uzasadnieniu wyroku sąd podkreślił, że zakaz odliczania VAT od wydatków, które nie mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów jest sprzeczny z prawem wspólnotowym. W konsekwencji odmówił jego zastosowania. Pozbawienie podatnika prawa do odliczania podatku VAT, po dniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej musi być zgodne z przepisami wspólnotowymi – podkreślił sąd. Dodał, że nie ma znaczenia to, że art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT posiadał swój odpowiednik w „starej” ustawie o VAT, nie oznacza to, że przepis ten nie jest sprzeczny z prawem Unii Europejskiej.

Sąd zgodził się z twierdzeniem spółki, że art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy (oraz art. 176 Dyrektywy 2006/112/WE) muszą być analizowane w zgodzie z II Dyrektywą VAT. Z art. 11 ust. 4 II Dyrektywy wynika, że zakaz odliczania VAT może dotyczyć tylko konkretnie określonych towarów i usług. Artykuł 11 ust. 4 II Dyrektywy stanowi, że: „niektóre towary i usługi mogą być wyłączone z systemu odliczeń, w szczególności dotyczy to tych, które mogą być wykorzystane w całości bądź częściowo do użytku prywatnego podatnika bądź jego pracowników". Oznacza to, że zgodne z tym przepisem są tylko takie ograniczenia w prawie do odliczenia, które odnoszą się do konkretnych kategorii towarów czy usług. Z uwagi na powyższe sąd stwierdził, że nie jest dopuszczalne stosowanie tak ogólnego kryterium, jak to, które zostało użyte w art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT. Natomiast odniesienie się do koncepcji wydatków, które nie stanowią kosztu uzyskania przychodów ewidentnie nie spełnia tego kryterium – podkreślił sąd. W zależności bowiem od sytuacji wydatek na taki sam towar czy usługę może być uznany za koszt uzyskania przychodów - taki zakup upoważniałby do odliczenia podatku lub nie, co przesądzałoby o braku prawa do odliczenia.

Uznanie przepisu art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT za zgodny z prawem UE prowadziłoby do sytuacji, że doszłoby do zróżnicowania sytuacji podatników nabywających rodzajowo takie same towary lub usługi. Część podatników miałaby prawo do odliczenia podatku naliczonego, a inna część – jak np. podatnik, który zaniechał inwestycji – byłaby tego prawa pozbawiona – podsumował sąd.

Reasumując stwierdzić należy, że zakaz przewidziany w art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT jest niezgodny z prawem wspólnotowym i nie może być stosowany przy określaniu zobowiązań podatkowych. Zgodnie bowiem z prawem wspólnotowym wszelkie ograniczenia dotyczące odliczania podatku naliczonego związanego z działalnością opodatkowaną VAT mogą dotyczyć tylko konkretnie określonych towarów i usług. Zakaz wynikający z art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT dotyczy natomiast towarów i usług określonych w sposób niekonkretny, bez wskazania ich rodzajów.