Odpowiedź:
Moim zdaniem nie mamy tutaj do czynienia ze sprzedażą odrębnego świadczenia, tylko z kosztami wchodzącymi do podstawy opodatkowania przy świadczeniu głównym (tj. przy dostawie towarów).
Tak więc koszty transportu powinny być opodatkowane taką samą stawką, jak świadczenie główne.
W tym przypadku mamy do czynienia z sytuacją, w której (jedne) koszty transportu dotyczą dostawy towarów, z których część jest opodatkowana na ogólnych zasadach, natomiast część – jest opodatkowana w procedurze odwrotnego obciążenia.
W praktyce tego rodzaju przypadki rozwiązuje się w ten sposób, że koszty transportu proporcjonalnie rozdziela się pomiędzy dostawę opodatkowaną na ogólnych zasadach oraz pomiędzy dostawę opodatkowaną z zastosowaniem procedury odwrotnego obciążenia.

Uzasadnienie:
Moim zdaniem – chociaż wiem, że praktyka bywa odrębna – niezależnie od tego, czy transportujecie Państwo towar własnym transportem, czy też siłami zewnętrznymi, nie mamy do czynienia ze sprzedażą, czy też refakturowaniem odrębnej usługi transportowej.
Dla nabywcy towaru zazwyczaj zakup towaru wraz z jego przetransportowaniem w określone miejsce ma jeden sens gospodarczy. Zaspokaja jedną jego potrzebę. Z jego punktu widzenia zakup usługi transportowej - jako odrębnej nie ma sensu. Nabywca nie kupuje bowiem przecież osobno towaru i osobno kosztów transportu. Samo świadczenie polegające na przesłaniu zakupionego wcześniej towaru jest dla nabywcy bezwartościowe i pozbawione sensu bez świadczenia głównego, tj. dostawy (sprzedaży) towaru.
Dodatkowo -  w stanie prawnym obowiązującym od dnia 1 stycznia 2014 r. – zgodnie z art. 29a ust. 6 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) – dalej u.p.t.u. – podstawa opodatkowania dla danych czynności obejmuje także koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy. Przepis ten ma zastosowanie także w przypadku dostaw towarów, w przypadku których podatnikiem jest nabywca (reverse charge).
W obecnym stanie prawnym nie ma, moim zdaniem, wątpliwości (zresztą uważam, że i wcześniej ich nie było; tyle że praktyka była inna), że usługi, o których mowa, w istocie są właśnie kosztami dodatkowymi do dostawy towarów. Chodzi tutaj bowiem o przetransportowanie kupionego towaru w miejsce oznaczone przez nabywcę.
W związku z powyższym uważam, że od 1 stycznia 2014 r. nie ma wątpliwości, że tego rodzaju „usługi dodatkowe” (w istocie będące częścią kompleksowego świadczenia dostawy towarów) nie stanowią odrębnego przedmiotu opodatkowania, tylko są częścią podstawy opodatkowania dla dostawy towarów. Nie ma przy tym znaczenia to, czy są to transport własny sprzedawcy, czy też sprzedawca nabywa usługę transportową od podmiotu trzeciego. W obu tych przypadkach, moim zdaniem, mamy do czynienia z kosztami wchodzącymi do podstawy opodatkowania przy dostawie towarów.
Tak więc koszty transportu powinny być opodatkowane taką samą stawką, jak świadczenie główne.
W tym przypadku mamy do czynienia z sytuacją, w której (jedne) koszty transportu dotyczą dostawy towarów, z których część jest opodatkowana na ogólnych zasadach, natomiast część – jest opodatkowana w procedurze odwrotnego obciążenia.
W praktyce tego rodzaju przypadki rozwiązuje się w ten sposób, że koszty transportu rozdziela się pomiędzy dostawę opodatkowaną na ogólnych zasadach oraz pomiędzy dostawę opodatkowania z zastosowaniem procedury odwrotnego obciążenia. Rozdzielenie to może nastąpić proporcjonalnie – stosownie do udziału wartościowego towarów w ramach danego transportu.

Adam Bartosiewicz, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego 
Odpowiedzi udzielono 9.10.2015 r.