Odpowiedź:
Kwoty uzyskane ze sprzedaży nieruchomości stanowiącej majątek fundacji będą stanowiły przychód podatkowy.
Zwolnienie z podatku dochodowego, z którego zapewne chcielibyście Państwo skorzystać, nie obejmuje przychodów tylko dochodów.
Być może po uwzględnieniu (odliczeniu) strat z lat poprzednich (które zdaje się wystąpiły) dochód w fundacji w danym roku się nie pojawi?
W każdym razie samo przeznaczenie dochodu ze sprzedaży nieruchomości (przy założeniu, że taki dochód wystąpi) na spłatę pożyczek, o których mowa, nie jest (moim zdaniem) w ogóle przeznaczeniem  dochodu na określone cele, a w szczególności – nie na cele wskazane w przepisie.

Uzasadnienie:
Na samym wstępie podkreślić należy, że fundacje jako takie nie są generalnie zwolnione z podatku dochodowego od osób prawnych. Są one podatnikami tego podatku i korzystają z ewentualnych zwolnień z podatku raczej ze względów przedmiotowych (czy to z uwagi na określone pochodzenie-źródło przychodu, czy to z uwagi na określone przeznaczenie uzyskiwanych dochodów).
W każdym razie w odniesieniu do fundacji  zastosowanie ma, tak jak w odniesieniu do każdych innych podatników, ogólna definicja przychodu podatkowego.

Zgodnie z art. 12 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst. jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 74, poz. 397 z późn. zm.) – dalej u.p.d.o.p., przychodami są w szczególności otrzymane pieniądze, wartości pieniężne, w tym również różnice kursowe.
Tak więc kwoty uzyskane ze sprzedaży nieruchomości stanowiącej majątek fundacji będą stanowiły przychód podatkowy.
Powstaje pytanie, czy może tu znaleźć zastosowanie jakieś zwolnienie podatkowe.

Zgodnie z przepisem art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. zwalnia się z podatku dochody podatników, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa, w tym również polegająca na kształceniu studentów, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, ochrony środowiska, wspierania inicjatyw społecznych na rzecz budowy dróg i sieci telekomunikacyjnej na wsi oraz zaopatrzenia wsi w wodę, dobroczynności, ochrony zdrowia i pomocy społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej inwalidów oraz kultu religijnego - w części przeznaczonej na te cele.
Wskazać w tym miejscu należy, że przedmiotowe zwolnienie nie obejmuje przychodów tylko dochodów.

Powstaje zatem po pierwsze pytanie, czy przedmiotowa fundacja osiągnie – w związku ze zbyciem nieruchomości – jakikolwiek dochód. Podejrzewam, że na tej jednostkowej transakcji taki jednostkowy dochód się pojawi (zapewne zatem nieruchomość jest w znacznej części zamortyzowana, zatem prawdopodobnie dochód ze zbycia wystąpi). Piszecie Państwo, że fundacja ma problemy finansowe. Być może zatem dochód w danym roku podatkowym – rozumiany jako nadwyżka sumy przychodów nad sumą kosztów ich osiągnięcia uzyskana w danym roku podatkowym – nie wystąpi.

Tylko bowiem w razie wystąpienia dochodu można rozpatrywać kwestię ewentualnego podatku, a w konsekwencji również i zwolnienia podatkowego.
Piszecie Państwo, że fundacja prowadzi działalność statutową, polegającą na prowadzeniu muzeum w którym eksponatami muzealnymi są różne przedmioty kultury materialnej związane z regionem.

Jest to więc działalność kulturalna. Ma ona charakter działalności statutowej. Zwolnienie będzie przysługiwało w razie przeznaczenia dochodów na tego rodzaju działalność.
Piszecie Państwo, że ze z przychodów uzyskanych ze sprzedaży miałyby zostać spłacone pożyczki wobec osób fizycznych (członków rodziny fundatora). Rzecz w tym, że spłaty pożyczek (podobnie, jak i wcześniej wzięcie pożyczek) są zdarzeniami neutralnymi podatkowo. Okoliczność natomiast, że były brane przez fundację  pożyczki – wskazuje na to, że w latach poprzednich były straty (także w rozumieniu podatkowym).
Być może zatem – jak już wskazywano wcześniej – po uwzględnieniu (odliczeniu) strat z lat poprzednich dochód w fundacji w danym roku się nie pojawi?

W każdym razie samo przeznaczenie dochodu ze sprzedaży nieruchomości (przy założeniu, że taki dochód wystąpi) na spłatę pożyczek, o których mowa, nie jest (moim zdaniem) w ogóle przeznaczeniem  dochodu na określone cele, a w szczególności – nie na cele wskazane w przepisie.

Adam Bartosiewicz, autor współpracuje z publikacją Vademecum Doradcy Podatkowego
Odpowiedzi udzielono 2.06.2015 r.