Odpowiedź:

W orzecznictwie przeważa pogląd dopuszczający prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty tuż przed upływem terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych (nawet gdy do organu podatkowego wniosek wpłynąłby „w warunkach przedawnienia”, np. w dniu 2 stycznia 2015 r. w zakresie CIT za 2008 r. i grudnia 2008 r. w VAT).

Uzasadnienie:

Przykładowo, jak wskazał WSA w Gorzowie Wlkp. w wyroku z dnia 4 lipca 2013 r., I SA/Go 256/13: „prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Z przepisu tego a contrario wynika, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej (…) W rozpoznawanej sprawie dotyczącej nadpłaty postępowanie zostało wszczęte na wniosek skarżącej przed upływem terminu przedawnienia”. Sąd uznał również, że jeśli podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego, to następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego niejako „w części”, jednak w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje. Przy czym okoliczność wygaśnięcia zobowiązania wskutek uregulowania części należności nie powoduje niemożności przeprowadzenia postępowania podatkowego mającego na celu rozpatrzenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Stosownie do art. 70 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa  (tekst jedn.: Dz. U. z 2015 r. poz. 613) - dalej o.p., zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.

Z kolei w myśl art. 86 § 1 o.p. podatnicy obowiązani do prowadzenia ksiąg podatkowych przechowują księgi i związane z ich prowadzeniem dokumenty do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe stanowią inaczej.

Przy czym przepisy ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2014 r. 851 z późn. zm.) – dalej u.p.d.o.p., nie wprowadzają w tym zakresie regulacji odrębnych (szczególnych).

Jeżeli dany podmiot wystąpił w 2014 r. o stwierdzenie nadpłaty w CIT z tytułu ulgi związanej z nowymi technologiami w rozliczeniu za rok 2008, to z ostrożności wydaje się zasadne przechowywanie dokumentów do czasu rozstrzygnięcia wniosku o stwierdzenie nadpłaty (np. bezdecyzyjny zwrot nadpłaty przez organ albo ostateczna decyzja organu podatkowego).

Za „zdroworozsądkowe” można uznać też stanowisko, wedle którego – jeżeli dałoby się wyodrębnić dokumenty związane z tą ulgą, zaś pozostałe dokumenty odnośnie rozliczenia za 2008 r. nie byłyby niezbędne – to są podstawy do przechowywania tylko dokumentów związanych z ulgą (aczkolwiek nie ulega wątpliwości, że nierzadko trudno o takie rozgraniczenie).

Warto bowiem mieć również na uwadze m.in. wyrok NSA z dnia 26 lipca 2012 r., II FSK 2598/10, wskazujący że: „Przepis art. 79 Ordynacji podatkowej daje organom podatkowym możliwość orzeczenia o powstałej nadpłacie, co jest niewątpliwie korzystne dla podatnika. Skoro jednak zobowiązanie wygasło na skutek upływu terminu przedawnienia, to organ podatkowy nie może już określić wysokości należnego podatku wszczynając postępowanie wymiarowe, przy czym nadal jest zobowiązany rozpatrzyć wniosek podatnika w zakresie istnienia nadpłaty”.

Odnosząc się jeszcze wprost do kwestii: "Czy pozytywne rozpatrzenie wniosku przez Urząd Skarbowy obliguje spółkę do wydłużenia okresu przechowywania dokumentów za 2008 rok?" należy zauważyć, że Autor pytania ma zapewne na myśli dodatkowo kwestię zwrotu nadpłaty przez organ podatkowy. Jeśli nastąpił zwrot nadpłaty, to organ podatkowy – przynajmniej w tym wypadku – nie może zmienić już swej decyzji, bo nastąpiło przedawnienie za 2008 r. i organ nie może np. wszcząć kolejnego postępowania. W tej sytuacji, czyli po pozytywnym rozpatrzeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty, dokumenty nie muszą już być przechowywane.

Marcin Andrzejowicz, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego

Odpowiedzi udzielono 20.05.2015 r.