Odpowiedź:
Nie ma konieczności opodatkowania zaliczki otrzymanej przed utratą zwolnienia, natomiast pozostała kwota wynagrodzenia będzie opodatkowana stawką podstawową. Jeśli wartość usługi końcowej będzie niższa niż pobrana zaliczka, należy skorygować podstawę opodatkowania (wysokość zaliczki) stosując zasady obowiązujące na dzień otrzymania zaliczki.
Uzasadnienie:
W rozwiązaniu przedstawionego problemu pomocne będą przepisy art. 41 ust. 14h pkt 1 w zw. z art. 41 ust. 14f ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) – dalej u.p.t.u., z których wynika, że utrata zwolnienia w odniesieniu do czynności, która zostanie wykonana w dniu utraty zwolnienia lub po tym dniu, w związku z którą otrzymano całość lub część zapłaty, nie powoduje zmiany wysokości opodatkowania zapłaty otrzymanej przed dniem utraty zwolnienia.
Tak więc, w stosunku do zaliczki wpłaconej przed utratą zwolnienia podmiotowego można powiedzieć, że mamy do czynienia z tzw. ochroną praw nabytych, co oznacza, że nie ma konieczności opodatkowania zaliczki otrzymanej przed utratą zwolnienia, natomiast pozostała kwota wynagrodzenia będzie opodatkowana stawką podstawową.
Jeśli wartość usługi końcowej będzie niższa niż pobrana zaliczka, należy skorygować podstawę opodatkowania (wysokość zaliczki) stosując zasady obowiązujące na dzień otrzymania zaliczki, co oznacza, że mimo tego, iż korekta będzie dokonana po utracie zwolnienia podmiotowego, korygując zaliczkę należy przyjąć, że podlega ona zwolnieniu od opodatkowania. Tym samym należy stwierdzić, że mieliśmy de facto do czynienia z otrzymaniem całości zapłaty przed utratą zwolnienia, czyli czynność ta w całości będzie podlegała zwolnieniu.
Mariusz Jabłoński, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego 
Odpowiedzi udzielono 30 grudnia 2014 r.