Odpowiedź:
1.    Jeżeli kara umowna, wynikająca z zawartej umowy, związana jest w istocie z nieterminowym zrealizowaniem przedmiotu umowy (a nie np. z wadą wykonanej usługi) a Wnioskodawca dołożył należytej staranności w celu zachowania terminów wskazanych w umowie, to może stanowić koszt uzyskania przychodu prowadzonej przez Wnioskodawcę pozarolniczej działalności gospodarczej, o ile poniesienie wydatku z tego tytułu zostanie przez Wnioskodawcę udokumentowane w sposób właściwy dla rodzaju prowadzonych ksiąg podatkowych.
2.    Jeżeli chodzi natomiast o karę umowną z tytułu odstąpienia od umowy w ostatnim czasie dominujący stał się  pogląd, zgodnie z którym kara umowna zapłacona za przedterminowe rozwiązanie nieopłacalnej dla podatnika umowy może stanowić koszt podatkowy. Konieczne jest jednak wykazanie, iż działanie to poparte jest analizą ekonomiczną, a podatnik jest w stanie wykazać racjonalność takiej decyzji.
 
3.    Co do tego czy wartość noty wystawionej na podwykonawcę wpłynie na wartość zaliczonej w koszty kary umownej może ona rzeczywiście wpłynąć na wartość kwoty zaliczonej do kosztów w przypadku gdy będziemy mieć do czynienia z sytuacją, w której uznają Państwo, iż tylko do wysokości kary naliczonej dla podwykonawcy spełnia przesłanki do uznania jej za koszt uzyskania przychodów natomiast w pozostałej części nie spełnia kryteriów uznania jej za koszt z uwagi na niedochowanie przez Państwa należytej staranności.
Uzasadnienie:
Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 22 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 74, poz. 397 z późn. zm.) - dalej u.p.d.o.p., nie uważa się za koszty uzyskania przychodów kar umownych i odszkodowań z tytułu wad dostarczonych towarów, wykonywanych robót i usług oraz zwłoki w dostarczeniu towaru wolnego od wad lub zwłoki w usunięciu wad towarów albo wykonywanych robót i usług.
Z treści pytania wynika, iż zostali Państwo obciążeni kosztami kar umownych z tytułu :
-  opóźnienia w wykonaniu kolejnego etapu budowy;
-  odstąpienia od umowy z winy wykonawcy zgodnie z zapisami umowy
Jeżeli chodzi o pierwszą z powyższych kwestii  organy podatkowe w większości stoją na korzystnym dla podatników stanowisku. Jak wyjaśnia w jednej z ostatnich interpretacji Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w piśmie z dnia 26 marca 2013 r., IBPBI/1/415-2/13/BK, jeżeli kara umowna, wynikająca z zawartej umowy, związana jest w istocie z nieterminowym zrealizowaniem przedmiotu umowy (a nie np. z wadą wykonanej usługi) a Wnioskodawca dołożył należytej staranności w celu zachowania terminów wskazanych w umowie, to może stanowić koszt uzyskania przychodu prowadzonej przez Wnioskodawcę pozarolniczej działalności gospodarczej, o ile poniesienie wydatku z tego tytułu zostanie przez Wnioskodawcę udokumentowane w sposób właściwy dla rodzaju prowadzonych ksiąg podatkowych.
Zakładam, że w Państwa przypadku usługa została wykonana wprawdzie po przekroczeniu ustalonego terminu ale prawidłowo (bez wad i zastrzeżeń).
Należałoby zatem rozstrzygnąć czy dochowana była przez Państwa należyta staranność w celu zachowania terminów umownych.
Jeżeli tak, przedmiotowa kara stanowi moim zdaniem koszt uzyskania przychodów.
Jeżeli chodzi natomiast o karę umowną z tytułu odstąpienia od umowy, w ostatnim czasie dominujący stał się  pogląd, zgodnie z którym kara umowna zapłacona za przedterminowe rozwiązanie nieopłacalnej dla podatnika umowy może stanowić koszt podatkowy. Konieczne jest jednak wykazanie, iż działanie to poparte jest analizą ekonomiczną, a podatnik jest w stanie wykazać racjonalność takiej decyzji.
Jak wskazuje się w orzecznictwie sądów administracyjnych przy zaliczaniu kar umownych do kosztów podatkowych istotne są ekonomiczne powody transakcji. Jeśli wydatek został poniesiony w celu zapobieżenia stratom i jest następstwem uzasadnionej ekonomicznie decyzji podatnika o odstąpieniu od umowy, to może zostać uznany za koszt uzyskania przychodu.
Jak wskazuje WSA w Warszawie w wyroku z 5 lutego 2010 r., III SA/Wa 1759/09 „W pewnych okolicznościach, gdy podatnik ma do wyboru albo odstąpienie od umowy i zapłatę odszkodowania albo wywiązanie się z umowy i poniesienie realnych strat finansowych grożących upadkiem firmy, także koszty odszkodowania jako służące zabezpieczeniu źródła przychodów, mogą być rozpoznane jako koszty uzyskania przychodu”.
Niemniej jednak istnieje ryzyko, iż organy podatkowe mogą mieć odmienne zdanie uznając, iż zapłata kary umownej dotyczącej odstąpienia od umowy ma na celu jedynie uniknięcie/zminimalizowanie strat z tytułu zawartej umowy i nie jest działaniem mającym na celu osiągnięcie przychodów ani zachowanie przychodów czy też zabezpieczenie ich źródła.
A zatem zakładając, iż spełnione zostały przesłanki pozwalające na zaliczenie przedmiotowych kar do kosztów uzyskania przychodów kwalifikowane są one do kosztów pośrednio związanych z przychodami i z tego względu podlegają ujęciu w kosztach podatkowych w dacie poniesienia, czyli w dniu, na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie stosownego dokumentu.
Za dzień poniesienia kosztu uzyskania przychodów (innego niż koszt bezpośrednio związany z przychodami), z zastrzeżeniem ust. 4a i 4f-4h, uważa się bowiem zgodnie z art. 15 ust. 4e u.p.d.o.p. dzień, na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury (rachunku), albo dzień, na który ujęto koszt na podstawie innego dowodu w przypadku braku faktury (rachunku), z wyjątkiem sytuacji gdy dotyczyłoby to ujętych jako koszty rezerw albo biernych rozliczeń międzyokresowych kosztów. Z powyższego wynika, że poniesienie ww. kosztu podatkowego to moment jego ujęcia w księgach (zaksięgowania).
Powyższe potwierdzają interpretacje organów podatkowych, przykładowo Dyrektor Izby Skarbowej w Łodzi w interpretacji indywidualnej IPTPB3/423-310/11-3/PM z dnia 29 grudnia 2011 r.
Oczywiście nie należy również pomijać przepisów dotyczących korekty kosztów z tytułu niezapłaconych zobowiązań, tj. art. 15b u.p.d.o.p., który stanowi o konieczności wyłączenia z kosztów nieuregulowanych zobowiązań, po upływie wskazanych w tym przepisie terminów.
Art. 15b ust. 1 u.p.d.o.p. stanowi bowiem, iż w przypadku zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów kwoty wynikającej z faktury (rachunku), a jeżeli nie istniał obowiązek wystawienia faktury (rachunku) - kwoty wynikającej z umowy albo innego dokumentu, i nieuregulowania tej kwoty w terminie 30 dni od daty upływu terminu płatności, podatnik jest obowiązany do zmniejszenia kosztów uzyskania przychodów o kwotę wynikającą z tych dokumentów.
Jeżeli termin płatności jest dłuższy niż 60 dni, zmniejszenia kosztów uzyskania przychodów o kwotę wynikającą z dokumentów, o których mowa w ust. 1, dokonuje się z upływem 90 dni od daty zaliczenia tej kwoty do kosztów uzyskania przychodów, o ile nie została ona uregulowana w tym terminie (art. 15b ust. 2 u.p.d.o.p.).
Zmniejszenia, o którym mowa w ust. 1 lub 2, dokonuje się w miesiącu, w którym upływa termin określony w tych przepisach (art. 15b ust. 3 u.p.d.o.p.).
Jeżeli po dokonaniu zmniejszenia, o którym mowa w ust. 1 lub 2, zobowiązanie zostanie uregulowane, podatnik w miesiącu, w którym uregulował zobowiązanie, zwiększa koszty uzyskania przychodów o kwotę dokonanego zmniejszenia (art. 15b ust. 4 u.p.d.o.p.).
Jeżeli w miesiącu, w którym podatnik ma obowiązek dokonać zmniejszenia, o którym mowa w ust. 1 lub 2, podatnik nie ponosi kosztów uzyskania przychodów lub poniesione koszty są niższe od kwoty zmniejszenia, wówczas ma obowiązek zwiększyć przychody o kwotę, o którą nie zostały zmniejszone koszty uzyskania przychodów (art. 15b ust. 5 u.p.d.o.p.).
Z kolei obciążenie przedmiotowymi karami podwykonawców (zakładając, że zostały one rozpoznane jako koszt uzyskania przychodu) spowoduje powstanie u Państwa konieczności wykazania przychodu podatkowego. W świetle u.p.d.o.p. - art. 12 ust. 1 pkt 1, jest to przychód z tytułu otrzymanych pieniędzy, wartości pieniężnych.
Przychód z tego tytułu powstaje w dacie otrzymania kary umownej, tj. z chwilą faktycznego wpływu środków pieniężnych na rachunek bankowy lub w momencie wpłaty gotówki do kasy. Samo wystawienie noty księgowej (obciążeniowej) nie skutkuje jeszcze powstaniem przychodu podatkowego.
Stanowisko takie prezentują również organy podatkowe, przykładowo: Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej z 15 grudnia 2011 r., ITPB3/423-499/11/MK.
Przychód nie powstanie natomiast w sytuacji, gdy kary umowne nie zostaną jednak zaliczone do kosztów. W tym przypadku zastosowanie znajdzie art. 12 ust. 4 pkt 6a u.p.d.o.p., który stanowi, iż nie zalicza się do przychodów zwróconych innych wydatków niezaliczonych do kosztów uzyskania przychodów.
Analogiczne stanowisko zajął Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej nr ITPB3/423-67a/13/PST z dnia 10 maja 2013 r., w której czytamy: "w sytuacji gdy wydatek poniesiony przez Spółkę - Wykonawcę w związku z zapłatą kary umownej na rzecz Zamawiającego nie stanowi kosztów uzyskania przychodów, wówczas żądana w związku z tymi okolicznościami od Podwykonawcy i otrzymana kwota kary stanowiącej zwrot tego wydatku, nie stanowi przychodu podatkowego Spółki w myśl art. 12 ust. 4 pkt 6a u.p.d.o.p.".
Jak z powyższego wynika data wystawienia przez Państwa noty, czy też otrzymanie z tego tytułu środków nie wpłynie na moment zaliczenia w koszty kar umownych . Co do tego czy wartość noty wystawionej na podwykonawcę wpłynie na wartość zaliczonej w koszty kary umownej może ona rzeczywiście wpłynąć na wartość kwoty zaliczonej do kosztów w przypadku gdy będziemy mieć do czynienia z sytuacją, w której uznają Państwo, iż tylko do wysokości kary naliczonej dla podwykonawcy spełnia przesłanki do uznania jej za koszt uzyskania przychodów natomiast w pozostałej części nie spełnia kryteriów uznania jej za koszt z uwagi na niedochowanie przez Państwa należytej staranności.
Jeżeli natomiast podjęli Państwo wszelkie działania aby dochować terminów umownych wtedy wysokość kary naliczonej podwykonawcom nie będzie w żaden sposób determinowała wysokości kosztu z tytułu przedmiotowych kar.
Artur Kowalski, autor współpracuje z publikacją Vademecum Doradcy Podatkowego
Odpowiedzi udzielono 8 grudnia 2014 r.