Urząd Miasta zamierza sprzedać grunt będący w użytkowaniu wieczystym jego użytkownikowi. Operat szacunkowy ustali wartość gruntu i prawa użytkowania gruntu. Na poczet ceny gruntu zostaną zaliczone wpłacone opłaty za prawo użytkowania wieczystego. Grunt jest niezabudowany i pod budowę.
Od jakiej kwoty naliczyć podatek VAT, tj. co stanowi podstawę opodatkowania?

Ponieważ podstawą opodatkowania VAT jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku, zasadę tą należy stosować również do czynności sprzedaży gruntu (zmiany prawa wieczystego użytkowania gruntu na prawo własności gruntu).
Jeżeli kwota należna z tytułu sprzedaży gruntu zostanie określona jako wartość gruntu wynikająca z operatu szacunkowego, to od tej wartości należy wyliczyć podstawę opodatkowania VAT.
Jeśli jednak kwota należna z tytułu sprzedaży gruntu zostanie określona jako różnica między wartością gruntu wynikającą z operatu szacunkowego, a wartością dotychczas poniesionych przez nabywcę opłat za wieczyste użytkowanie gruntu, wówczas do wyliczenia podstawy opodatkowania w VAT należy wziąć tą różnicę.
W przypadku ustalenia opłaty (kwoty należnej) za transakcję sprzedaży gruntu (przekształcenia prawa użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości) w wysokości różnicy pomiędzy wartością gruntu, a wartością prawa użytkowania wieczystego, wysokość tak ustalonej opłaty również stanowi podstawę opodatkowania VAT.
Przepisy dotyczące podatku VAT nie zawierają bowiem obowiązku określenia podstawy opodatkowania zgodnie z zasadami ustalania odpłatności zawartymi w ustawie o gospodarce nieruchomościami.
W sytuacji opisanej w pytaniu miasto zamierza sprzedać grunt będący w użytkowaniu wieczystym jego dotychczasowemu użytkownikowi. Prawdopodobnie w trybie przepisów art. 32 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami (tekst jedn.: Dz. U. z 2004 r. Nr 261, poz. 2603 z późn. zm.), stanowiących, iż nieruchomość gruntowa oddana w użytkowanie wieczyste może być sprzedana wyłącznie użytkownikowi wieczystemu. Z dniem zawarcia umowy sprzedaży nieruchomości wygasa, z mocy prawa, uprzednio ustanowione prawo użytkowania wieczystego.
Zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) - dalej u.p.t.u., podstawą opodatkowania jest obrót z zastrzeżeniem ust. 2-22, art. 30-32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5 u.p.t.u. Obrotem jest zaś kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy.
Na podstawie art. 29 ust. 4 u.p.t.u. podstawę opodatkowania zmniejsza się o kwoty udokumentowanych, prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów (bonifikat, opustów, uznanych reklamacji i skont) i o wartość zwróconych towarów, zwróconych kwot nienależnych w rozumieniu przepisów o cenach oraz zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, z zastrzeżeniem art. 29 ust. 4a i 4b u.p.t.u.
Jak wyjaśnił Minister Finansów - Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy - w interpretacji indywidualnej z dnia 10 lutego 2010 r., ITPP1/443-1071b/09/MN, tylko sprzedawca jest w stanie określić, co dokładnie jest wkalkulowane w kwotę należną od nabywcy. Podstawa opodatkowania wynikać powinna wyłącznie z umowy zawartej pomiędzy kontrahentami. Ponadto organy podatkowe nie mają prawa ingerować w treść zawieranych umów i przyjęty w nich sposób rozliczeń pomiędzy kontrahentami, chyba że postanowienia umów naruszają przepisy podatkowe, co może być stwierdzone jedynie w trakcie przeprowadzonego przez organ podatkowy postępowania.

Podstawą opodatkowania VAT czynności sprzedaży gruntu (zmiany prawa wieczystego użytkowania gruntu na prawo własności gruntu) jest kwota należna od nabywcy, pomniejszona o kwotę należnego podatku.
Z pytania wynika, że wartość gruntu oraz prawa wieczystego użytkowania gruntu określi rzeczoznawca majątkowy, wykonując operat szacunkowy.
Na podstawie art. 67 ust. 1 u.g.n. cenę nieruchomości ustala się na podstawie jej wartości. Z kolei art. 69 u.g.n. stanowi, że na poczet ceny nieruchomości gruntowej sprzedawanej jej użytkownikowi wieczystemu zalicza się kwotę równą wartości prawa użytkowania wieczystego tej nieruchomości, określoną według stanu na dzień sprzedaży.
W związku z powyższym, jeżeli kwota należna z tytułu sprzedaży gruntu zostanie określona jako wartość gruntu wynikająca z operatu szacunkowego, to od tej wartości należy wyliczyć podstawę opodatkowania VAT, gdyż dla określenia podstawy opodatkowania nie ma znaczenia forma zapłaty za grunt, tzn. czy będzie to w całości zapłata w pieniądzu, czy też część kwoty należnej zostanie skompensowana uiszczonymi wcześniej opłatami za prawo wieczystego użytkowania tego gruntu.
Jeśli jednak kwota należna z tytułu sprzedaży gruntu zostanie określona jako różnica między wartością gruntu wynikającą z operatu szacunkowego, a wartością dotychczas poniesionych przez nabywcę opłat za wieczyste użytkowanie gruntu, wówczas do wyliczenia podstawy opodatkowania w VAT należy wziąć tą różnicę.
Taka sytuacja będzie miała miejsce np. w przypadku przekształcenia prawa użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości, dokonanego w trybie ustawy z dnia 29 lipca 2005 r. o przekształceniu prawa użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości (Dz. U. Nr 175, poz. 1459, z późn. zm.) - dalej u.p.p.u. Zgodnie bowiem z art. 4 ust. 1 i 2 u.p.p.u., osoba, na rzecz której zostało przekształcone prawo użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości, jest co do zasady obowiązana do uiszczenia dotychczasowemu właścicielowi opłaty z tytułu tego przekształcenia, ustalonej w decyzji przy odpowiednim stosowaniu przepisów art. 67 ust. 3a i art. 69 u.g.n.

Jeśli zaś urząd miasta ustali opłatę (kwotę należną) za transakcję sprzedaży gruntu (przekształcenia prawa użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości) w wysokości różnicy pomiędzy wartością gruntu, a wartością prawa użytkowania wieczystego, wysokość tak ustalonej opłaty również stanowi podstawę opodatkowania VAT.
Przepisy dotyczące podatku VAT nie zawierają obowiązku określenia podstawy opodatkowania zgodnie z zasadami ustalania odpłatności zawartymi w u.g.n.