Wybór myszy jest bardzo indywidualny i nie chodzi tu bynajmniej o jej atrakcyjny wygląd, a raczej o właściwości ergonomiczne. Przede wszystkim należy wybrać taką mysz, która wielkością odpowiada wielkości dłoni użytkownika. Istotny jest także jej kształt – odpowiednie wyoblenia pozwalają bardziej lub mniej wygodnie trzymać ją w dłoni. Ostatnio preferowane są myszy bardziej „spionizowane", których kształt pozwala trzymać je bardziej naturalnie aniżeli w przypadku typowego, ciągle jeszcze dominującego kształtu spłaszczonej skorupy jajka wymuszającej ze swej natury nienaturalny, płaski chwyt. Myszy takie z reguły posiadają dodatkowo odpowiednie wyprofilowanie pozwalające na jeszcze większą wygodę chwytu ale niestety produkowane są zazwyczaj z konieczności w wersjach dla prawo- i leworęcznych. Wśród najbardziej nowoczesnych modeli tego najpopularniejszego urządzenia wskazującego znaleźć można także myszy np. ze specjalnie ułożyskowanym kółkiem przewijania MicroGear – raz rozpędzone samo kręci się przez 7 sekund przewijając wg danych producenta 10000 wierszy arkusza kalkulacyjnego (Logitech Revolution), czy z regulacją wielkości i mimo pionizacji łatwo „przestawialną" z wersji prawo- do leworęcznej (Humanscale Switch Mouse). Będąc już szczęśliwym posiadaczem ergonomicznej myszki użytkownik powinien zadbać o jej właściwe umiejscowienie. Podstawową zasadą jest umieszczenie myszy jak najbliżej klawiatury – w tej samej odległości i na takiej samej wysokości. Nie ma z tym większego problemu w sytuacji, gdy klawiatura leży na stole – mysz może czy też powinna znaleźć się obok. Gorzej jest w przypadku, gdy klawiatura leży na szufladzie/półce umieszczonej poniżej wysokości blatu biurka. Jeżeli szuflada jest zbyt wąska na umieszczenie na niej myszy, to należy zrezygnować z jej wykorzystywania. Sytuacja, gdy klawiatura znajduje się poniżej i bliżej od myszy (leżącej na blacie) jest czynnikiem ryzyka wystąpienia bólów od nadgarstków aż po obręcz barkową. Rozwiązaniem w tym przypadku może być wymiana szuflady na szerszą lub montaż dodatkowej półki – podstawki pod mysz. Ważnym elementem stanowiska pracy przy komputerze jest podkładka pod mysz. Często decyduje ona o jakości przemieszczania myszy i precyzji posługiwania się nią.