Jest to system obszarów chronionych, który ma zapewnić zachowanie cennych, a przy tym zagrożonych ekosystemów (siedlisk przyrodniczych) oraz integrację ochrony przyrody z działalnością człowieka. Wprowadzenie jej do ustawodawstwa polskiego jest realizacją obowiązków wynikających z dwóch dyrektyw europejskich: dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory, tzw. Dyrektywy Siedliskowej oraz dyrektywy Rady 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 r. w sprawie ochrony dzikich ptaków, tzw. Dyrektywy Ptasiej. Obie dyrektywy są uzupełnione przez decyzje Komisji Europejskiej, które odnoszą się do metodycznych i formalnych aspektów wdrażania koncepcji „NATURA 2000”. Obie także zawierają zakazy i nakazy niezwiązane bezpośrednio z obszarami sieci, ale – szerzej – z ochroną dzikiej flory i fauny na kontynencie europejskim.

Ideą sieci jest zachowanie „europejskiego dziedzictwa przyrodniczego". Nie ma przy tym znaczenia, czy istotne z punktu widzenia Europy obszary są również istotne z punktu widzenia Polski i czy są już objęte formą ochrony przyrody obowiązującą w polskim systemie prawnym. Stąd sieć Natura 2000 jest z założenia niezależna od Krajowego Systemu Obszarów Chronionych ustalonego ustawą o ochronie przyrody i z założeń nie ma być jego częścią. Jednak w praktyce, „ważne dla Europy" ekosystemy i gatunki, są cennymi przyrodniczo obszarami, także z krajowego punktu widzenia.