Inwestycja nie będzie mogła się rozpocząć w przypadku stwierdzenia braku jej zgodności z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego. Zgodnie z art. 80 ust. 2 ustawy z 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz ocenach oddziaływania na środowisko (t.j. Dz.U. 2013 poz. 1235 z póżn. zm., dalej: u.d.i.ś.) decyzję o środowiskowych uwarunkowaniach można wydać po stwierdzeniu zgodności lokalizacji przedsięwzięcia z ustaleniami miejscowego planu, o ile został on uchwalony. Wyjątkowo kryterium to będzie pomijane w przypadku budowy drogi publicznej, linii kolejowej o znaczeniu państwowym czy przedsięwzięć wymagających koncesji na poszukiwanie i rozpoznawanie złóż kopalin.
Miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego jest bezwzględnie wiążącym aktem prawa, dlatego też organ ochrony środowiska przed wydaniem deczyji, bada czy zachodzi zgodność z lokalnymi ustaleniami. Zgodnie z wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 1 sierpnia 2012 r., II OSK 829/11 nie wystarczy wykazać, że inwestycja jest niesprzeczna z planem. Oznacza to, że projektowana działalność musi być tożsama względem uchwalonego przeznaczenia terenu. Podkreślić należy, że weryfikacja zagospodarowania przestrzeni nie może się oprzeć ani na studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego, ani na innym dokumencie potwierdzającym faktyczny sposób użytkowania działki.
W literaturze wskazuje się, że w przypadku stwierdzenia sprzeczoności projektowanego przedsięwzięcia z postanowieniami planu miejscowego, organ prowadzący zwolniony jest z przeprowadzenia postępowania w szerszym zakresie. W praktyce oznacza to, że dalszemu badaniu nie będą podlegać przestawione w sprawie opinie i uzgodnienia z innymi organami nawet, jeśli będą aprobujące dla planowanego przedsięwzięcia.