Co do zasady, jego upływ powoduje więc bezwzględną utratę uprawnień zawartych w decyzji o pozwoleniu na budowę, przy czym pozwolenie to wygasa niezależnie od okoliczności, czy wskazany w art. 37 ust. 1 pr. bud. termin upłynął z powodów zawinionych przez stronę, czy też nie. Wyjątkiem powodującym wstrzymanie biegu terminu z art. 37 ust. 1 pr. bud. jest tylko taka sytuacja, gdy prowadzenie robót budowlanych nosiłoby cechy działania bezprawnego .Bieg 3-letniego terminu wskazanego w art. 37 pr. bud. może bowiem zostać przerwany na skutek wydania - bądź przez organ administracji publicznej, bądź przez sąd - postanowienia o wstrzymaniu wykonania pozwolenia na budowę. Nie do pogodzenia z istniejącym porządkiem prawnym byłaby zatem taka sytuacja, w której podporządkowanie się przez inwestora zakazom wynikającym z postanowienia o wstrzymaniu wykonania decyzji, uniemożliwiałoby mu zrealizowanie zagwarantowanych w ostatecznej decyzji uprawnień dotyczących budowy obiektu.

Podkreślenia wymaga jednak, że pozwolenie na budowę nie wygasa, jeśli jest wykonywane nawet tylko w części. Rozpoczęcie prac budowlanych, mających na celu realizację choćby jednego tylko obiektu spośród wymienionych w decyzji zezwalającej na budowę przed terminem wskazanym w art. 37 ust. 1 pr. bud., ma ten skutek, że pozwolenie nie traci ważności w odniesieniu do pozostałych obiektów, choćby ich budowa została rozpoczęta już po upływie tego terminu.

O stwierdzeniu wygaśnięcia pozwolenia na budowę rozstrzyga organ administracji architektoniczno-budowlanej, który prowadził postępowanie w przedmiocie pozwolenia na budowę w pierwszej instancji . Stwierdzenie wygaśnięcia pozwolenia na budowę następuje w formie decyzji administracyjnej.

Należy zauważyć, iż dopuszczalne jest także stwierdzenie wygaśnięcia - wydanej na podstawie art. 51 ust. 4 pr. bud. - decyzji o zatwierdzeniu projektu budowlanego zamiennego i pozwoleniu na wznowienie robót budowlanych.

Zaznaczenia wymaga również, że rozpoczęcie lub podjęcie robót budowlanych po zaistnieniu którejkolwiek ze wskazanych w art. 37 ust. 1 pr. bud. przesłanek wygaśnięcia pozwolenia na budowę jest warunkowane wydaniem nowej decyzji o pozwoleniu na budowę.
Szerzej na ten temat pisze Katarzyna Małysa-Sulińska w książce „Administracyjnoprawne aspekty inwestycji budowlanych”.