Czy za moment wykonania robót budowlanych należy uznać moment podpisania protokołu przez inwestora?

Pytanie

W 2005 r. Spółka wykonała na zlecenie inwestora roboty budowlane (prace ziemne). Z uwagi na zastrzeżenia ze strony inwestora dotyczące sposobu wykonania tych prac, prac tych nie zaakceptowano i nie podpisano protokołu wykonania robót. W konsekwencji Spółka nie wystawiła faktur na wykonanie ww. robót, a inwestor nie dokonał też żadnej płatności z tytułu tych prac. Koszty poniesione w zw. z wykonanymi pracami Spółka ujęła w prowadzonych księgach jako tzw. roboty w toku. Trwający wiele miesięcy spór nie doprowadził do porozumienia, jednak na drogę sądową żadna ze stron nie wystąpiła. W związku z różnymi perturbacjami przez kolejnych kilka lat strony nie prowadziły rozmów w przedmiotowej sprawie. W II połowie 2013 r. powrócono do negocjacji i zawarto porozumienie, skutkiem którego inwestor, wskutek ustępstwa wykonawcy co do ceny, zaakceptował ostatecznie wykonanie ww. robót poprzez złożenie podpisu z data bieżącą na protokole wykonania robót.

Czy w opisanej sytuacji należy przyjąć, że obowiązek podatkowy w VAT (i podobnie w podatku dochodowym od osób prawnych) powstał dopiero w 2013 r., przyjmując, że wykonanie robót nastąpiło w dacie ich akceptacji przez inwestora, czy raczej, że obowiązek podatkowy powstał w dacie wykonania robót (tj. w 2005 r.), jednak zobowiązania podatkowe z tego tytułu uległy już przedawnieniu?

Przyjmując, że zobowiązania podatkowe z tytułu tych prac uległy przedawnieniu, pojawia się dodatkowe pytanie, jaki dokument księgowy powinna w tej sytuacji wystawić Spółka?

Czy może być to faktura, czy raczej nota obciążeniowa?

Jeśli nota, to czy może ona obejmować należność brutto?